Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcaccctgtacttttaacctctgcagacattttgcattttttaaaaaaagcaaacatagctgtaaattgttattaacgggttgcctttttattgtagTTGCTCGATTTGAGTGGCATTCTCACTGTGTTTTTCTGCGGTATCGTA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037342_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71301742|gb|DR786939.1|DR786939
EST:     AAGTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAA                         TTGCTCGATTTGAGTGGCATTCTCACTGTGTTTTTCTGCGGTATCGTA
genomic: AAGTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAAgtgagcaccc ... tttattgtagTTGCTCGATTTGAGTGGCATTCTCACTGTGTTTTTCTGCGGTATCGTA
EST: gi|71426858|gb|DR807908.1|DR807908
EST:     AAGTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCCTACATGCTAGCTGAA                         TTGCTCGATTT
genomic: AAGTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAAgtgagcaccc ... tttattgtagTTGCTCGATTT
EST: gi|149058822|gb|EE156843.2|EE156843
EST:     AAGTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAA                         TTGCTCGATTT
genomic: AAGTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAAgtgagcaccc ... tttattgtagTTGCTCGATTT
EST: gi|149015463|gb|EE045330.2|EE045330
EST:     AAGTT-CCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAA                         TTGCTCGATTT
genomic: A-GTTTCCATTATGATGCTAATGGCTTATTTATCTTACATGCTAGCTGAAgtgagcaccc ... tttattgtagTTGCTCGATTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaaagcaaacatagctgtaaattgttattaacgggttgcctttttattgtagTTGCTCGATTTGAGTGGCATTCTCACTGTGTTTTTCTGCGGTATCGTA
                            tattaac  putative branch site (score: 1)
                                      ttgccttttt  putative PPT
                  tgtaaattgttattaa  TA-rich tract