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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgcagttaaagttacctgacattttccatgtttgtcctgaaagcagtgttccctttctgtaatatttcttaccttttttgatactaaatttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035417_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60356802|gb|DN223775.1|DN223775
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|61117480|gb|DN558441.1|DN558441
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|5932681|gb|AW057042.1|AW057042
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|60354372|gb|DN221345.1|DN221345
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|120480604|gb|EH210908.1|EH210908
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|93283697|gb|EB675961.1|EB675961
EST:     CAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTCCCAAGTGGT-GGTCCAACCCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATC
genomic: CAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAA-CCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATC
EST: gi|33102654|gb|CF062614.1|CF062614
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|33095687|gb|CF055681.1|CF055681
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|78121957|gb|DV540341.1|DV540341
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|33091803|gb|CF051797.1|CF051797
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|24767328|gb|CA402472.1|CA402472
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|61117483|gb|DN558444.1|DN558444
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|16925169|gb|BM078237.1|BM078237
EST:     TGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: TGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|5847201|gb|AW000280.1|AW000280
EST:     AATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCTGGATCT
genomic: AATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|5325104|gb|AI783295.1|AI783295
EST:     AATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCTGGATCT
genomic: AATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|61117482|gb|DN558443.1|DN558443
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCAGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|211521982|gb|FL195244.1|FL195244
EST:     CACCTGCCTCTGCA-GGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCTGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|211377507|gb|FL195230.1|FL195230
EST:     CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCTGCATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT
EST: gi|211524979|gb|FL195247.1|FL195247
EST:     CACCTGCCTCTGCA-GGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAG                         GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGCGTTATTCCAGGTGCTGGATCT
genomic: CACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 298

GCAGGCCGCATCACCCGCTCAGCCAGCAGTTGCATTGCCAGTGCAGCCATCACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 381

GCAGGCCGCATCACCCGCTCAGCCAGCAGTTGCATTGCCAGTGCAGCCATCACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 439

GCAGGCCGCATCACCCGCTCAGCCAGCAGTTGCATTGCCAGTGCAGCCATCACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 298

GCAGGCCGCATCACCCGCTCAGCCAGCAGTTGCATTGCCAGTGCAGCCATCACCTGCCTCTGCAGGGCCTAATGCAAATCCTTTGAACCTTTTTCCTCAGgtatgtgcta ... ttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtgttccctttctgtaatatttcttaccttttttgatactaaatttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG
                                     tactaaa  putative branch site (score: 298)
                                            tttct  CT-rich tract
                             ttttttgatactaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgcagttaaagttacctgacattttccatgtttgtcctgaaagcagtgttccctttctgtaatatttcttaccttttttgatactaaatttctgaaaagGGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG

-tgcagtt
- - - - - - - - -tgacatt
- - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttctg