1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtattgtttcttcagatacagccagatgatcttgagttcccacgtggtagcttatatctgttgttttgctttctcatgttatgtttaatgacaatcttgaaaatcgtatcatgcagagttctagtttaaatttgttaatgttggttgcttcagtattgatccctgccttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTTCAATCCACCACCAATGGAGCCTTCTACGCCTGCAGAGGATGATGTGCCC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G035395_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAG ACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTTEST: gi|71760108|gb|DR958045.1|DR958045
genomic: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAGgtattgtttc ... cttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTT
EST: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAG ACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTTEST: gi|71328489|gb|DR800891.1|DR800891
genomic: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAGgtattgtttc ... cttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTT
EST: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAG ACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTTEST: gi|211112826|gb|FL033804.1|FL033804
genomic: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAGgtattgtttc ... cttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTT
EST: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAG ACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTT
genomic: CCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGACACTGATGGCGCCTCTAGgtattgtttc ... cttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTT
tagtttaaatttgttaatgttggttgcttcagtattgatccctgccttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTTCAATCCACCACCAATGGAGCCTTCTACGCCTGCAGAGGATGATGTGCCC
tattgat putative branch site (score: 81)
tccctgccttttttc CT-rich tract
taaatttgttaatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattgtttcttcagatacagccagatgatcttgagttcccacgtggtagcttatatctgttgttttgctttctcatgttatgtttaatgacaatcttgaaaatcgtatcatgcagagttctagtttaaatttgttaatgttggttgcttcagtattgatccctgccttttttcagACCTAAATCTGCTGGACTTGTGGACTATGACGATGATGACGATGAAGACTTCAATCCACCACCAATGGAGCCTTCTACGCCTGCAGAGGATGATGTGCCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG