Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctttgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G034083_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G034083_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os12g37870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctttgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGG
                                                                                     || |  |  ||||    || |||   |||   | |||  | ||   | | | ||   ||| |  ||   |   || | |  |        |||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
-----------------------------------------------------------------------------------gtaagtctaactctatccagatctt---ttttaggttaagttttgaagtttatcagtgccat-tcacac--actggacaatatc--------accagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG

upper sequence: GRMZM2G034083_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctt-tgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatc-tgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcat---accagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGG
                 | |    | ||| ||  | ||   | |||| |||  |  | ||| || | | |  ||| ||| |  |||||    |||||||            ||||| || |  ||  ||  |   | | |  ||  |  | | | |   ||||  ||    || |||   |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||| ||||| |||||  || | |
-----------------gtaagtgcacctccatatctcacatccacccattattgacattt-atttcatccgtggttgaaa-aatgaagc--atttcta-----------catttattgttggaacttggaaggattttacctgtttaatactaaaccttgatgattttgtttccatttaaccagGTTGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16916519|gb|BM072879.1|BM072879
EST:     CAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: CAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|67023264|gb|CO452013.1|CO452013
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|40303556|gb|CK347943.1|CK347943
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|31357444|gb|CD441801.1|CD441801
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|67013475|gb|CO442224.1|CO442224
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|211020101|gb|FL063974.1|FL063974
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|16927003|gb|BM080076.1|BM080076
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|18964714|gb|BM661164.1|BM661164
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|60353107|gb|DN220080.1|DN220080
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|18964715|gb|BM661165.1|BM661165
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|22490798|gb|BU050721.1|BU050721
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|67025367|gb|CO454116.1|CO454116
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|6020543|gb|AW065471.1|AW065471
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|5819356|gb|AI987562.1|AI987562
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|7238111|gb|AW573333.1|AW573333
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|44901489|gb|CK828034.1|CK828034
EST:     TCTGTACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|149008522|gb|EE040695.2|EE040695
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|19058295|gb|BM736962.1|BM736962
EST:     TCTGGCCAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTCCAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|24768435|gb|CA403564.1|CA403564
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|78103680|gb|DV522108.1|DV522108
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|31353311|gb|CD437668.1|CD437668
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|13150060|gb|BG320382.1|BG320382
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|87156899|gb|DY401688.1|DY401688
EST:     GCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: GCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|37400570|gb|CF637640.1|CF637640
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|32919518|gb|CF024330.1|CF024330
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|31354936|gb|CD439293.1|CD439293
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|32866831|gb|CF006513.1|CF006513
EST:     GGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: GGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|60339101|gb|DN206074.1|DN206074
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|19057819|gb|BM736486.1|BM736486
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|84980549|gb|DW530898.1|DW530898
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|87151765|gb|DY396554.1|DY396554
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|67042517|gb|CO468772.1|CO468772
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|32859101|gb|CD998782.1|CD998782
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAG
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAG
EST: gi|67022701|gb|CO451450.1|CO451450
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|149000524|gb|EE037707.2|EE037707
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|60350340|gb|DN217313.1|DN217313
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|14245199|gb|BG873781.1|BG873781
EST:     ACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: ACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|89763369|gb|DY690597.1|DY690597
EST:     CATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGTTTCGGAGCTAGGAAATTATTCAGAGTACAGT
genomic: CATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|37401585|gb|CF638160.1|CF638160
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|211219075|gb|FL476018.1|FL476018
EST:     GTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: GTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: gi|67016541|gb|CO445290.1|CO445290
EST:     TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT                         GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGG
                             atctgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttcctcttgc  putative PPT
                         aataatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctttgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG