Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtgctttatttgtccttttctttaatgtgttgtcccctatcctatttgttaagagtatgttaattaaaccaagtttggattatttttagAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g24190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtgctttatttgtccttttctttaatgtgttgtcccctatcctatttgttaagagtatgttaattaaaccaagtttggattatttttagAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
||| | ||| | |||| || ||| | | | || ||| | ||||||| ||||| ||| | |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
gtgaataattggg-----tcttaaaaaaattgctatttgttttgatt-ttatagtaacattaattaggccaagcttg---tcttttcagAGAGAGTATGAGGAATTCAAGGTGAGAATCAATGCATTGGTTGCTAAAGCTCAGAAAGTTCCCGAGGAAGGTTGGACAATGCAAGATGGAACTCCCTGGC
upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA06G47420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgctttatttgtccttttctttaatgtgttgtcccctatcctatttgttaagagtatgttaattaaaccaagtt---tggattatttttagAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
|| || | | | | |||| || | || ||| ||| || | |||| ||| ||| | || | | | | ||||||| || || || || | || |||||||| | | |||||||| | ||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
gtaaaa-atgtctacatgtcttggatattttatcctatatga-atcttcatgttatatggtaaaaaaattattttcattatactgcatgcagAGAGAATATGAAGAGTTTAGAGTTCGAATCAATACTCTAGTTGCTAAGTCTAGGAAGGTCCCAGAAGAAGGGTGGACAATGCAAGATGGAACACCATGGC
upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv18s0122g00120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
--------------------gtgctttatttgtccttttctttaatgtgttgtcccctatcctatttgttaagagtatgttaattaaaccaagtt-tggattat--ttttagAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
| | | || | || | | | || | |||| ||| || || | || ||| | ||| || ||||||| || ||||||||||| || | |||||||| |||||||| || || || || || || |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||
gtaatgggttgttaatcactgagttgagttgattctactgtccttcacctccatccttcattggcttgtcttgaggattttgtgtttactctgttatttattgagattacagAGAGAATATGAGGAATTCAAAGTTCGGATCAATGCTTTGGTTGCCAAGGCACAAAAGGTCCCAGAAGAAGGGTGGACAATGCAGGATGGGACTCCATGGC
upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv03s0038g04250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
---gtgctttatttgtccttttctttaatgtgttgtcc---cctatcctatttgt--taagagtatgttaattaaaccaagtttggattattttt---agAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
|| || | | | | ||| || | || | ||| | | | | |||| | |||| ||| | ||| |||||||||| |||||||| || || | || |||||||||||||| ||||| || || || || |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||
agactggcttgtgaattgtgatacagtgtgtaccatctacactcattttgcctgtcttcatggcttacactgtaaatctcttttgcattgtcttttacagAGAGAGTATGAGGAATTTAAAGTTCGGATTAATGCCTTGGTTGCCAAAGCTCAAAAGGTCCCAGAAGAAGGGTGGACAATGCAGGATGGGACGCCTTGGC atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ccctatcctatttgttaagagtatgttaattaaaccaagtttggattatttttagAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttattttt putative PPT
agtatgttaattaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtgctttatttgtccttttctttaatgtgttgtcccctatcctatttgttaagagtatgttaattaaaccaagtttggattatttttagAGAGAGTACGAGGAATTCAAGGTCAGAATCAATGCCTTGGTTGCTAAAGCCCAGAAAGTTCCTGAAGAAGGATGGACAATGCAAGATGGAACCCCCTGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA