Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggtgtctcaaatttttattgccattttaaaaaaggttttcaagccaacaaggtcctttcagttcacactgtcttacaagaactatttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024151_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G024151_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g14860.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaaggtgtctcaaatttttattgccattttaaaaaaggttttcaa--gccaacaaggtcctttcagttcacac-----tgtcttacaagaactatttg---gacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
|||||  | ||  | ||| | |   ||||||    ||| || |      ||| |  || |  |   ||  |        || |||||||    | | ||   |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
gtaag-cggctggattttctttgcacattttggggaagtttgttgtttaccaccctggactctattgtcgaagtcggtatgccttacaattgttttctgttcgacagCCTCTGTTTCCTGGTGAAAGTGGTGTAGACCAACTTGTGGAAATCATCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60337200|gb|DN204173.1|DN204173
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|32837926|gb|CD977604.1|CD977604
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|211165156|gb|FL324133.1|FL324133
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGAC-AACTT
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTT
EST: gi|60349350|gb|DN216323.1|DN216323
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60340745|gb|DN207718.1|DN207718
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|61117968|gb|DN558929.1|DN558929
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|211161694|gb|FL418712.1|FL418712
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|61117965|gb|DN558926.1|DN558926
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60395743|gb|DN228613.1|DN228613
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|32838828|gb|CD978509.1|CD978509
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60338887|gb|DN205860.1|DN205860
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|61117966|gb|DN558927.1|DN558927
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60394497|gb|DN227367.1|DN227367
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|33097248|gb|CF057208.1|CF057208
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGTTGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60349962|gb|DN216935.1|DN216935
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAA
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60346367|gb|DN213340.1|DN213340
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaagccaacaaggtcctttcagttcacactgtcttacaagaactatttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
                               gtcttac  putative branch site (score: 3)
                                         aactattt  TA-rich tract