Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctttcagtatgcttcagtatttgcctatccgatgggtataatgctttattttgtgccaaggatcagtttgcagttttgataacttttaaatattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G022866_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78076799|gb|DV505233.1|DV505233
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|149104343|gb|EE289789.2|EE289789
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|18162906|gb|BM332745.1|BM332745
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|32940976|gb|CF045795.1|CF045795
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGAAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|60401026|gb|DN233833.1|DN233833
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTTTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|149026606|gb|EE046030.2|EE046030
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|76014575|gb|DT941745.1|DT941745
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|18171021|gb|BM340861.1|BM340861
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|78079812|gb|DV508224.1|DV508224
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTTTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|211020780|gb|FL433468.1|FL433468
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|56462040|gb|CK986338.1|CK986338
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|45847020|gb|CN070963.1|CN070963
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCCCTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|71442261|gb|DR823311.1|DR823311
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|50324828|gb|CO519954.1|CO519954
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|134769080|gb|DY742751.1|DY742751
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|24934373|gb|CA452591.1|CA452591
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
EST: gi|71328184|gb|DR800730.1|DR800730
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGTCTTGCTACTCTTGGTCGTATT
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATT
EST: gi|78079813|gb|DV508225.1|DV508225
EST:     GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTC
genomic: GCGATGGAACTGTTCCAATTATGCTATCACTTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTC
EST: gi|5706290|gb|AI942066.1|AI942066
EST:     TTGGTCTGTTGACA                         GCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
genomic: TTGGTCTGTTGACAgtaagtaaac ... tattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattttgtgccaaggatcagtttgcagttttgataacttttaaatattttttagGCAATTACAGCAGGGCTTGCTACTCTTGGTCGTATTGGAAAG
                               tgataac  putative branch site (score: 2)
                                             tatttttt  putative PPT
                          agttttgataactttt  TA-rich tract