1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gatactgaccatctattcttccccattactgtttctatatattgtattcttgcaccttgctttgcctgatgtgtacataatcttgtcttgatttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGTGTCCTCATCCGAGAAGCCCTTCACAGTCGACGGGAAAGAAGCTGGCGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G018950_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|78026243|gb|DV494630.1|DV494630
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|24767922|gb|CA403057.1|CA403057
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|16919428|gb|BM074182.1|BM074182
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|149014685|gb|EE044355.2|EE044355
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|67042948|gb|CO469203.1|CO469203
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGATAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|21809763|gb|BQ668081.1|BQ668081
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|37375348|gb|CF624105.1|CF624105
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTCG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|148969831|gb|EE020723.2|EE020723
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|93011640|gb|EB637160.1|EB637160
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGEST: gi|6827650|gb|AW331293.1|AW331293
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
EST: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTG GGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
genomic: CAAAGTGTTGATTTATGCTGGAGAGTATGACCTCATATGTAACTGGCTTGgttagtatct ... atttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTG
attcttgcaccttgctttgcctgatgtgtacataatcttgtcttgatttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGTGTCCTCATCCGAGAAGCCCTTCACAGTCGACGGGAAAGAAGCTGGCGT
tcttgat putative branch site (score: 162)
tacataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatactgaccatctattcttccccattactgtttctatatattgtattcttgcaccttgctttgcctgatgtgtacataatcttgtcttgatttgggcagGGAACTCAAGGTGGGTAAACTCTATGGAATGGTCTGGAAAGGAAGCTTTTGTGTCCTCATCCGAGAAGCCCTTCACAGTCGACGGGAAAGAAGCTGGCGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
gatactg
- - - - - - - - - - - - - - -tgtttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgatg