Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaagattatgcattctttccattggatgggatgttacactgatcttattgtgttaaactgttaactaatacattttattatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014788_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014788_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g19470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gttaagattatgcattc-tttccattggatgggatgttacactgatcttattgtgttaaactgttaactaatacattttattatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG
||||  |||    |||   ||  ||    |  ||| ||      |  ||  ||| ||    |   ||||  ||||| || |||  |  || | ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||||
gttagtatttcatatttgcttatatgctgttagattttgtcacaacatt--tgtattgtgttac-aactg-tacatgtttttacatgtagGTGGACTTGCGATTTGGAAATGCTGTTGCAGATGATGTCTTCTTTCTATCTGGATATAATATTTATGGCTCTGTAGTTGCACAG
















RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 340

GGCGTTACATATTACGTGCTTCTCATCCTGATTATGAAATTGAGTTGAGAGGCTCACCAGAGgttaagatta ... ttatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 355

GGCGTTACATATTACGTGCTTCTCATCCTGATTATGAAATTGAGTTGAGAGGCTCACCAGAGgttaagatta ... ttatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 225

GGCGTTACATATTACGTGCTTCTCATCCTGATTATGAAATTGAGTTGAGAGGCTCACCAGAGgttaagatta ... ttatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 578

GGCGTTACATATTACGTGCTTCTCATCCTGATTATGAAATTGAGTTGAGAGGCTCACCAGAGgttaagatta ... ttatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttacactgatcttattgtgttaaactgttaactaatacattttattatgtacagATTGACCTGCGATTTGGAAATGCCGTGGCAGATGATGTCTTCTTTGTATCTGGTTATGACATTTATGGCACTGTGGTTGCACAG
                              aactaat  putative branch site (score: 578)
                                        ttttatt  putative PPT
                    ttaaactgttaactaa  TA-rich tract