Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttgtttattttacatgtctatatttgtgacaagtaattttttgaacttgtgtcttgacaagatttgagaactttactttttcgattggcaatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014313_T02
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014313_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os09g32220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
--gtttgtttattttacatgtctatatttgtgacaagtaattttttgaacttgtgtcttgacaagatttgagaactttac-tttttcgattggcaatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA
   ||   | | |||   | |  ||   ||| | || |  || |||||||  |         || |    |  |  | || |||||  | ||||  | ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||  || || || || ||| |||   || | ||||
gatttcactaactttctgtatgcatgcatgttataa-tggttctttgaac--gaactagattaacacagaatcatgtcacatttttgaactggctgtttccagGGTTTGGCCGCAGAGAAAGACAACCTGGATATAATCCAGCATGACTGGGCTTTACCAAAGATGGAGCATCATGCTGAGGAAGTGCTGAGGAAGCTTCTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12970851|gb|BG267190.1|BG267190
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|14585636|gb|BI135388.1|BI135388
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|60338600|gb|DN205573.1|DN205573
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGGAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|86468606|gb|DY234976.1|DY234976
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|5650204|gb|AI920564.1|AI920564
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211183626|gb|FL445776.1|FL445776
EST:     ATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: ATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211150578|gb|FL418267.1|FL418267
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|78092972|gb|DV521346.1|DV521346
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|60401153|gb|DN233960.1|DN233960
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|71443118|gb|DR824168.1|DR824168
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|71324326|gb|DR798864.1|DR798864
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCACCAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|37399865|gb|CF637274.1|CF637274
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCTTGGATATCATGCAGCATGATTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|78121870|gb|DV540254.1|DV540254
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|45847449|gb|CN071392.1|CN071392
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|33104091|gb|CF064051.1|CF064051
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|31356975|gb|CD441332.1|CD441332
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|113626234|gb|DW789548.1|DW789548
EST:     TTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCNTGACTGGGCT
genomic: TTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|60338918|gb|DN205891.1|DN205891
EST:     GATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: GATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|71446698|gb|DR827748.1|DR827748
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|91055764|gb|EB166182.1|EB166182
EST:     CACAGAAGATGATGCNAATGGGTGGTGGATTTGGATTTTACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|14717593|gb|BI245243.1|BI245243
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|18181187|gb|BM382397.1|BM382397
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|33097924|gb|CF057884.1|CF057884
EST:     AGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACCGGGCT
genomic: AGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|78025548|gb|DV493935.1|DV493935
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211212163|gb|FL396523.1|FL396523
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|16917576|gb|BM073349.1|BM073349
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211434223|gb|FL403309.1|FL403309
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|60398183|gb|DN230999.1|DN230999
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|148954192|gb|EC899598.2|EC899598
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTG
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTG
EST: gi|31356132|gb|CD440489.1|CD440489
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|32851266|gb|CD990947.1|CD990947
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|15554277|gb|BI644275.1|BI644275
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|67020108|gb|CO448857.1|CO448857
EST:     CAGAAGATGATGCAAATGGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCANNCA-TG                         AGTT-GGGAGCANAGAAAGACAGCCTGG-TATCATGCAGCATGACTGGGC
genomic: CAGAAGATGATGCAAATGGG-TGGTGGATTTGGATTTAACCCAA-CAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGC
EST: gi|32864289|gb|CF003971.1|CF003971
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|94473567|gb|EB702525.1|EB702525
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|31356090|gb|CD440447.1|CD440447
EST:     CAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGNNATTTA-CCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGG--ATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|78090530|gb|DV518904.1|DV518904
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|60350629|gb|DN217602.1|DN217602
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|18176929|gb|BM378139.1|BM378139
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|15590499|gb|BI675115.1|BI675115
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|50337384|gb|CO532510.1|CO532510
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|71324327|gb|DR798865.1|DR798865
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|91875885|gb|EB405842.1|EB405842
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGGGGATTTGGATTTAACCCACCAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|71439477|gb|DR820527.1|DR820527
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211010152|gb|FL113899.1|FL113899
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|4886165|gb|AI677285.1|AI677285
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|32935399|gb|CF040211.1|CF040211
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211010153|gb|FL113900.1|FL113900
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|15053715|gb|BI359260.1|BI359260
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211010150|gb|FL113897.1|FL113897
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|60356673|gb|DN223646.1|DN223646
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|211063347|gb|FL405204.1|FL405204
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|31356942|gb|CD441299.1|CD441299
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|93014361|gb|EB639881.1|EB639881
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
EST: gi|32936182|gb|CF040994.1|CF040994
EST:     CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG                         AGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT
genomic: CACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 363

CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 419

CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 572

CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 394

CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATGgtaaggtgct ... caatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacttgtgtcttgacaagatttgagaactttactttttcgattggcaatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA
        tcttgac  putative branch site (score: 394)
                            tttacttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtttattttacatgtctatatttgtgacaagtaattttttgaacttgtgtcttgacaagatttgagaactttactttttcgattggcaatatccagAGTTTGGGAGCAGAGAAAGACAGCCTGGATATCATGCAGCATGACTGGGCTCTACCTAAGATGGAGCGGCACGCAGAAGATGTGTTGAAACAGTTGCTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - tacatgt