Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgcaaagctctcatactctgtagttcaaactaattcatagcaccttttcaccaatgtttccacttatgtaacagttatcatttcactgtacttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014136_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014136_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g24704.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
----gtgcaaagctctcatactctgtagttcaaactaattcatagcaccttttcaccaatgtttccacttatgtaacagttatcatttcactgtacttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG
     || |||        |||    |    || |   ||  |      ||||||| | |  ||    | ||   | |      | |  | | | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||| | | ||||   ||||||||||||||||||||||| || 
caacatgtaaaaaaacatcacta---atgctaagccctttttttcagtgttttcactactacttaatgtcatcatatatgctaaagtatatt-tccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAGGACTCCTGAACTTAACAAATCTATACACATTTACTCTAGTGCTCTTAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32922586|gb|CF027398.1|CF027398
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|213191931|gb|FM185346.1|FM185346
EST:     ACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: ACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32922930|gb|CF027742.1|CF027742
EST:     CTTGACCATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32922923|gb|CF027735.1|CF027735
EST:     CTTGACCATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|78118417|gb|DV536803.1|DV536803
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32921856|gb|CF026668.1|CF026668
EST:     ACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: ACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32920309|gb|CF025121.1|CF025121
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32923030|gb|CF027842.1|CF027842
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTT
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTT
EST: gi|211534372|gb|FL093852.1|FL093852
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32923258|gb|CF028070.1|CF028070
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|61119686|gb|DN560647.1|DN560647
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32923274|gb|CF028086.1|CF028086
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCANAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTNTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32921928|gb|CF026740.1|CF026740
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
EST: gi|32922650|gb|CF027462.1|CF027462
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGG
EST: gi|32920277|gb|CF025089.1|CF025089
EST:     CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGT                         ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGAAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG
genomic: CTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 47

TGTCAAGGAGAGCCTTTTCAATTGCACCAGATGCCCCTGAAATGTTGTTGCTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 178

TGTCAAGGAGAGCCTTTTCAATTGCACCAGATGCCCCTGAAATGTTGTTGCTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 225

TGTCAAGGAGAGCCTTTTCAATTGCACCAGATGCCCCTGAAATGTTGTTGCTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 100

TGTCAAGGAGAGCCTTTTCAATTGCACCAGATGCCCCTGAAATGTTGTTGCTTGACTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTTCTAGCAAAAGTgtatgctact ... acttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcaccaatgtttccacttatgtaacagttatcatttcactgtacttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG
                     atgtaac  putative branch site (score: 100)
                              ttatcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcaaagctctcatactctgtagttcaaactaattcatagcaccttttcaccaatgtttccacttatgtaacagttatcatttcactgtacttgtgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGCAATTTTATGAAAAATATGTATGTAAAGAGAACTCCTGAAATGAGCAAAGACATACACATTTACTCTAGTGCTCTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - catactc
- - - - - - - - - - - - - -aaactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcactg