1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtacacactctctctctctctcaacatgtgtatacacttccccgccctgacagacacccatcaaccaacccctcaattatctgactaccttatttcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGCAATCAAGCCTTCTCAATGCTACACTAGAGGATAAAAACCTTTCAGAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G014116_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTATCACCTCATGATCCTATGEST: gi|211388540|gb|FL326080.1|FL326080
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|453340|gb|T15314.1|T15314
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTNAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|211150173|gb|FL276378.1|FL276378
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|7216589|gb|AW562711.1|AW562711
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGNGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|32907838|gb|CF012651.1|CF012651
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|211150172|gb|FL276377.1|FL276377
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|71762659|gb|DR960596.1|DR960596
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|213188018|gb|FM188229.1|FM188229
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|26457612|gb|CA829195.1|CA829195
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|213183945|gb|FM195837.1|FM195837
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
genomic: CTATTTATGATATTCCAGCAATAAAAGAGGATCCAACAAAGTGGATACCGgtacacactc ... tcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
acagacacccatcaaccaacccctcaattatctgactaccttatttcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGCAATCAAGCCTTCTCAATGCTACACTAGAGGATAAAAACCTTTCAGAAA
atctgac putative branch site (score: 3)
ctaccttatttccttt CT-rich tract
tcaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacacactctctctctctctcaacatgtgtatacacttccccgccctgacagacacccatcaaccaacccctcaattatctgactaccttatttcctttgcagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGCAATCAAGCCTTCTCAATGCTACACTAGAGGATAAAAACCTTTCAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT