1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtactctctctcaacatgtgtatacactctgacacccatccaccaacccctcaattatctgactaccttaattccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGCAATCGAGCCTTCTCAATGCTACACTAGAGGATAAAAACCTTTCAGAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G013750_T04 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|40337465|gb|CK371535.1|CK371535
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|60345832|gb|DN212805.1|DN212805
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|60349290|gb|DN216263.1|DN216263
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|60358924|gb|DN225897.1|DN225897
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|211088675|gb|FL328946.1|FL328946
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGEST: gi|67021450|gb|CO450199.1|CO450199
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
EST: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCG ATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
genomic: CTATTTATGATATCCCAGCAATAAAGGAAGATCCAACCAAGTGGATACCGgtactctctc ... tccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATG
tctgacacccatccaccaacccctcaattatctgactaccttaattccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGCAATCGAGCCTTCTCAATGCTACACTAGAGGATAAAAACCTTTCAGAAA
ttccttcac CT-rich tract
tcaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactctctctcaacatgtgtatacactctgacacccatccaccaacccctcaattatctgactaccttaattccttcacagATTCTTAGGAAGATCTGTTGGTACTTGGTGCTAGCACCTCATGATCCTATGCAATCGAGCCTTCTCAATGCTACACTAGAGGATAAAAACCTTTCAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT