Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtttttagtggttatggagagccgcttgatggacttcaattaaacatccatactgttctgctaccattccacattcctccttgacaaatgtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAACCAAGTCCCTAAGATGCTTTTCATCCTCCGGAAAAACTGGGCTCCTGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G008209_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G008209_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os08g07880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
agtttttagtggttatggagagccgcttgatggacttcaattaa-acatccatactgttctgctaccattccacattcctccttgacaaatgtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAACCAAGTCCCTAAGATGCTTTTCATCCTCCGGAAAAACTGGGCTCCTGCTG
  || |||   | | |          |||    | | ||   ||  ||    || |     || ||     ||   |   ||| | || ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||  | ||| | ||||||||| | |
ccttgttatcagatgtttcatatatattggcatattgcacccaatgcactagtagttgcaggcaacatggtcattatgtacctcg-cacatgttttggcagGCTAAACATAAAATCGAGTCAGCAAGTGGTCCTTTGAACATGCAACTCAATCAAGTTCCGAAGATGCTTTTCATTCTGAGAAAACAATGGGCTCCTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71437508|gb|DR818558.1|DR818558
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAA
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAA
EST: gi|71318841|gb|DR796181.1|DR796181
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|78110994|gb|DV529391.1|DV529391
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|76014964|gb|DT942134.1|DT942134
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|74246159|gb|DT654073.1|DT654073
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|71318838|gb|DR796180.1|DR796180
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|86469977|gb|DY236347.1|DY236347
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|18168718|gb|BM338558.1|BM338558
EST:     TTTATCTTGATGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|71307842|gb|DR790142.1|DR790142
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|89249896|gb|DY621682.1|DY621682
EST:     TTTATCTTGCTGCGGCAGTTTCCGACTTTTATGTTCCATGGGAAAGTAGG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|71756861|gb|DR954798.1|DR954798
EST:     TTTATCTTGGTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|148936771|gb|EC880907.2|EC880907
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|78120327|gb|DV538711.1|DV538711
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
EST: gi|78118463|gb|DV536848.1|DV536848
EST:     TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATG                         GCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC
genomic: TTTATCTTGCTGCTGCAGTTTCCGACTTCTATGTTCCATGGGAAAGTATGgtaggttcta ... gtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catccatactgttctgctaccattccacattcctccttgacaaatgtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAACCAAGTCCCTAAGATGCTTTTCATCCTCCGGAAAAACTGGGCTCCTGCTG
                                  ccttgac  putative branch site (score: 4)
                                         aaatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtttttagtggttatggagagccgcttgatggacttcaattaaacatccatactgttctgctaccattccacattcctccttgacaaatgtttgtgcagGCTAAACATAAAATTGAGTCAGCAGGCGGCCCTTTGAACATGCAACTCAACCAAGTCCCTAAGATGCTTTTCATCCTCCGGAAAAACTGGGCTCCTGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG