Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtataaactttcaacaggaacttttggtcatcacagtttcattttgtctattagtgtggctaactcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCTGCCTCCAAACATGCTCTTAATGGTTACTTTGCTTCTCTGCGATCTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003692_T06
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67023347|gb|CO452096.1|CO452096
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|93015973|gb|EB641493.1|EB641493
EST:     GCCTTCTAGCCCCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|149101270|gb|EE187382.2|EE187382
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|37401832|gb|CF638282.1|CF638282
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|32840502|gb|CD980183.1|CD980183
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTGGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|88753506|gb|DY537647.1|DY537647
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|37387558|gb|CF630976.1|CF630976
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|40337101|gb|CK371171.1|CK371171
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|5343223|gb|AI795408.1|AI795408
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|71298091|gb|DR785023.1|DR785023
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|6095476|gb|AW120143.1|AW120143
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|37397592|gb|CF636096.1|CF636096
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|71311062|gb|DR791845.1|DR791845
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|14208321|gb|BG842006.1|BG842006
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|32856130|gb|CD995811.1|CD995811
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTGGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|14244326|gb|BG842296.2|BG842296
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|37376662|gb|CF624883.1|CF624883
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|71311060|gb|DR791844.1|DR791844
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|71438969|gb|DR820019.1|DR820019
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|32864069|gb|CF003751.1|CF003751
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTGGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
EST: gi|6194694|gb|AW146798.1|AW146798
EST:     GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGGGATGGGCCATTTTGTTGTG                         ATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT
genomic: GCCTTCTAGCACCTTACATGCTTGATAGAGAGATGGGCCATTTTGTTGTGgtatgtataa ... tcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acttttggtcatcacagtttcattttgtctattagtgtggctaactcatatacagATGAGTAGTGCTGCTGGAAAGGTTCCTGCTCCTGGTCAGGCCATTTACTCTGCCTCCAAACATGCTCTTAATGGTTACTTTGCTTCTCTGCGATCTGAG
                                      ggctaac  putative branch site (score: 2)
                 tttcatttt  TA-rich tract