Skip to another splice site:
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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttttcctgttctctctctgtgtgtgctgatacacagtacttctattgattttgccccttcattttaaactgaccccttgcaagtattctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000393_T01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000393_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g07905.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtatttttcctgttctctctctgtgtgtgctgatacacagtacttctattgatt-ttgccccttcattttaaactgaccccttgcaagtattctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA
               |   ||  | | || ||| |||   |||  |||| | || || |  ||| || ||    |||| | || |||    | | | |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    ||  ||||||||||
--------------gtaattccttttctgttgaaacat--tacacctatggcttatttcggcttaatgtt---ttgactcattacaatctatatattagCTGGATTAATTGAGATGCTTGAAGCCCGTCGAGGTAGCCAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148982630|gb|EE028428.2|EE028428
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCCAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|78093005|gb|DV521379.1|DV521379
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGGTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAACCAAAGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|71435122|gb|DR816172.1|DR816172
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|32834517|gb|CD974195.1|CD974195
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTAC
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTAC
EST: gi|76920610|gb|DV168260.1|DV168260
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|31359008|gb|CD443365.1|CD443365
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|60338589|gb|DN205562.1|DN205562
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|31357853|gb|CD442210.1|CD442210
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGA
EST: gi|71436236|gb|DR817286.1|DR817286
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|50323552|gb|CO518678.1|CO518678
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|4775973|gb|AI664976.1|AI664976
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|78021331|gb|DV489718.1|DV489718
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|60346760|gb|DN213733.1|DN213733
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|71426993|gb|DR808043.1|DR808043
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|61119808|gb|DN560769.1|DN560769
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|94479524|gb|EB708482.1|EB708482
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAC                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAA
EST: gi|149064607|gb|EE286478.2|EE286478
EST:     CGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAAGCCGTCGAGGTAGCCAAGGAT
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGAT
EST: gi|60344825|gb|DN211798.1|DN211798
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|32839844|gb|CD979525.1|CD979525
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTGGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGT
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGT
EST: gi|149005473|gb|EE040028.2|EE040028
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|71772159|gb|DR970096.1|DR970096
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|149096404|gb|EE182138.2|EE182138
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|110200892|gb|EC882789.1|EC882789
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|24765385|gb|CA400544.1|CA400544
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|67038278|gb|CO464608.1|CO464608
EST:     GATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAAATCT-GACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGGTA-CCAAGGATTGTAC
genomic: GATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAA-TCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGG-TAGCCAAGGATTGTAC
EST: gi|21828587|gb|BQ703271.1|BQ703271
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATACCATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|78093004|gb|DV521378.1|DV521378
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|211130920|gb|FL136658.1|FL136658
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|60346466|gb|DN213439.1|DN213439
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|32928809|gb|CF033621.1|CF033621
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGT
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGT
EST: gi|148940752|gb|EC885572.2|EC885572
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|32839845|gb|CD979526.1|CD979526
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGT
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGT
EST: gi|148938471|gb|EC882790.2|EC882790
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAAGTAGCCAAAGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|26557288|gb|CA829523.1|CA829523
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|31350524|gb|CD434881.1|CD434881
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|113703856|gb|EE681360.1|EE681360
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
EST: gi|71426994|gb|DR808044.1|DR808044
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTG
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTG
EST: gi|5124017|gb|AI745858.1|AI745858
EST:     GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAG                         CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA
genomic: GGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 199

GAATTACCGAGCAAAGCAAAAATTTTCTTCAGTGCTGCAGTTGAAGCCTGGGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 236

GAATTACCGAGCAAAGCAAAAATTTTCTTCAGTGCTGCAGTTGAAGCCTGGGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 246

GAATTACCGAGCAAAGCAAAAATTTTCTTCAGTGCTGCAGTTGAAGCCTGGGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 397

GAATTACCGAGCAAAGCAAAAATTTTCTTCAGTGCTGCAGTTGAAGCCTGGGATGCAGAATTTTATGTCAAAGTTGAAGATAACATTAATCTTGACTTAGgtatttttcc ... attctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctattgattttgccccttcattttaaactgaccccttgcaagtattctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA
                           aactgac  putative branch site (score: 397)
                                              ttctgtc  putative PPT
                  ttcattttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatttttcctgttctctctctgtgtgtgctgatacacagtacttctattgattttgccccttcattttaaactgaccccttgcaagtattctgtcagCTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA