1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatccacatacagcttcttttcggttgttgccaggccatttaatttaagagtgccactgaatgttgttgttgttatttccctatactgtcagTGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGACGTACAAGAAGCTGATGAAAGCAGGATTGAGGATATGGGTGTTCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G879749_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGATGCACGCCAACACCACGGGGATCCCCTACAGATGGACTGCCTGCAG TGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGACEST: gi|93014934|gb|EB640454.1|EB640454
genomic: GCGATGCACGCCAACACCACGGGGATCCCCTACAGATGGACTGCCTGCAGgtatccacat ... atactgtcagTGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGAC
EST: GCGATGCACGCCAACACCACGGGGATCCCCTACAGATGGACTGCCTGCAG TGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGAC
genomic: GCGATGCACGCCAACACCACGGGGATCCCCTACAGATGGACTGCCTGCAGgtatccacat ... atactgtcagTGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGAC
atttaatttaagagtgccactgaatgttgttgttgttatttccctatactgtcagTGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGACGTACAAGAAGCTGATGAAAGCAGGATTGAGGATATGGGTGTTCAG
atttaat putative branch site (score: 21)
tttccctat putative PPT
ttgttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatccacatacagcttcttttcggttgttgccaggccatttaatttaagagtgccactgaatgttgttgttgttatttccctatactgtcagTGATGTGCTGATCAAGACATGGCAAGATTCAGAGTTCTCCATGCTGCCGACGTACAAGAAGCTGATGAAAGCAGGATTGAGGATATGGGTGTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT