Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtactagcctctattgtctggggcttttaaggtgattagtgaaagcctgagatacgtatatgttaatgagttttacttgtgatccttatttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G850355_T08
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G850355_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g42320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--ttgtactagcctctattgtctggggcttttaaggtgattagtgaaagcctgagatacgtatatgttaatgagttttacttgtgatc--cttatttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG
  |||    | |||  | |        ||  | |   |||   ||||    |||  ||     || |    | |  | |||   |  |  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||
gattggtgaatcctgaagtacagttcactccttaaa-gat--atgaatatatgatgtaaccgaatttctgag-gcatgactcacggccaacttgtttgttgcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCATTATTGATTGCCGGGTACGATGACAATGGCCCACAGCTGTATCAG

upper sequence: GRMZM5G850355_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g42320.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--ttgtactagcctctattgtctggggcttttaaggtgattagtgaaagcctgagatacgtatatgttaatgagttttacttgtgatc--cttatttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG------------------------------
  |||    | |||  | |        ||  | |   |||   ||||    |||  ||     || |    | |  | |||   |  |  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||                              
gattggtgaatcctgaagtacagttcactccttaaa-gat--atgaatatatgatgtaaccgaatttctgag-gcatgactcacggccaacttgtttgttgcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCATTATTGATTGCCGGGTACGATGACAATGGCCCACAGCTGTATCAGGTATGCAGATAGCTGCGTGATAGGGGCTCT

upper sequence: GRMZM5G850355_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0011g01960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---ttgtactagcctctattgtctggggcttttaaggtgattagtgaaagcctgagatacgtatatgttaatgagttttacttgtgatccttatttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG
   ||   | |  |   |   ||||     ||  ||  |  ||  ||||  || |  ||  || |||    |   | |   || |      |  ||  |  ||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||| ||||| ||||| |||
attttaagcaatgcataaacctctgaa---ttacagaagcatatagaaaagctcaattatttaaatgaagtttgatatcttttctttcttcttattcctatagTGGTGTAAGGCCCTTTGGAGTATCACTGTTGGTTGCTGGTTTTGATGACAATGGTCCACAATTGTACCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56382484|gb|CV985153.1|CV985153
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5566889|gb|AI881800.1|AI881800
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32942863|gb|CF047682.1|CF047682
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60354522|gb|DN221495.1|DN221495
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32931156|gb|CF035968.1|CF035968
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|71331106|gb|DR802380.1|DR802380
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211040642|gb|FL333768.1|FL333768
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATT
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATT
EST: gi|32932932|gb|CF037744.1|CF037744
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGA-TGNCTGGGTACGATGACA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTG-CTGGGTATGATGACA
EST: gi|67025317|gb|CO454066.1|CO454066
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|15427202|gb|BI543024.1|BI543024
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACA
EST: gi|6653876|gb|AW267281.1|AW267281
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCNCCCAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCNCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32931645|gb|CF036457.1|CF036457
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|12967998|gb|BG264945.1|BG264945
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGG
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGG
EST: gi|211156517|gb|FL164231.1|FL164231
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGKTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211362042|gb|FL326986.1|FL326986
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACNA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5895580|gb|AW036826.1|AW036826
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5456381|gb|AI834071.1|AI834071
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGNTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|113702959|gb|EE680463.1|EE680463
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14204267|gb|BG837944.1|BG837944
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|78021721|gb|DV490108.1|DV490108
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGATTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|71331110|gb|DR802381.1|DR802381
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|22520740|gb|BU079551.1|BU079551
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32906923|gb|CF011736.1|CF011736
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|9461620|gb|BE453822.1|BE453822
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32868632|gb|CF008314.1|CF008314
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32865823|gb|CF005505.1|CF005505
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|28931244|gb|CB334605.1|CB334605
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14242859|gb|BG840665.2|BG840665
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32930042|gb|CF034854.1|CF034854
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32934694|gb|CF039506.1|CF039506
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGAC
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGAC
EST: gi|67023284|gb|CO452033.1|CO452033
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|26559204|gb|CA831439.1|CA831439
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60359187|gb|DN226160.1|DN226160
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32849719|gb|CD989400.1|CD989400
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32908069|gb|CF012882.1|CF012882
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|16918711|gb|BM073864.1|BM073864
EST:     CAGCTTG-GCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|6031332|gb|AW076189.1|AW076189
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211100498|gb|FL307608.1|FL307608
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|40337252|gb|CK371322.1|CK371322
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|32912475|gb|CF017287.1|CF017287
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|67018206|gb|CO446955.1|CO446955
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|5456374|gb|AI834064.1|AI834064
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60341905|gb|DN208878.1|DN208878
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14203539|gb|BG837216.1|BG837216
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|6020544|gb|AW065472.1|AW065472
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|14243343|gb|BG841010.2|BG841010
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211218837|gb|FL350383.1|FL350383
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211312008|gb|FL324789.1|FL324789
EST:     AGCTTGTGCGGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCCTGGGTATGATGACA
genomic: AGCTTGTGCGAG-AGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGC-TGGGTATGATGACA
EST: gi|211028588|gb|FL333340.1|FL333340
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211227292|gb|FL365228.1|FL365228
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAAGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60346286|gb|DN213259.1|DN213259
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|12967997|gb|BG264944.1|BG264944
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCCTTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211062081|gb|FL465317.1|FL465317
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211411607|gb|FL320443.1|FL320443
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGAC
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGAC
EST: gi|29167732|gb|CB410992.1|CB410992
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|60355411|gb|DN222384.1|DN222384
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|31910204|gb|CD651307.1|CD651307
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211518118|gb|FL378391.1|FL378391
EST:     AGCTTGTGCGGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGAC-ATTTGGAGTATCGCTGTTGA
genomic: AGCTTGTGCGAG-AGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGA
EST: gi|211372616|gb|FL325639.1|FL325639
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTG
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTG
EST: gi|31355634|gb|CD439991.1|CD439991
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCACTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|211062082|gb|FL465318.1|FL465318
EST:     CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|67010331|gb|CO439080.1|CO439080
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
EST: gi|87156656|gb|DY401445.1|DY401445
EST:     CAGCTTGTGCGGGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGG                         TGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA
genomic: CAGCTTGTGCGAGAGACTGCTGCTGTGATGCAGGAGTTCACACAGTCAGGgtatttaact ... tttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcctgagatacgtatatgttaatgagttttacttgtgatccttatttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG
                 tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                       tccttatttgtttc  putative PPT
             tatatgttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgtactagcctctattgtctggggcttttaaggtgattagtgaaagcctgagatacgtatatgttaatgagttttacttgtgatccttatttgtttcagTGGTGTAAGACCATTTGGAGTATCGCTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGCCCACAGTTGTATCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - tgtctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatcct