1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...agtcgagagcatgcggtgtagtgatgcgtttgtttgtttatttgcatatttagatatctatattagtggcaactaattgagtggtgttctgtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G800734_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|20513053|gb|BQ280239.1|BQ280239
genomic: ATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|60346930|gb|DN213903.1|DN213903
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|30087804|gb|CB886010.1|CB886010
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|13381712|gb|BG458267.1|BG458267
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: GGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|60355695|gb|DN222668.1|DN222668
genomic: GGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|113704194|gb|EE681698.1|EE681698
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|74034821|gb|DT535312.1|DT535312
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|9953126|gb|BE639709.1|BE639709
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGCTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTEST: gi|8665485|gb|BE186301.1|BE186301
genomic: AGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGG-TGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCT
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCATTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|21809483|gb|BQ667801.1|BQ667801
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: GAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|33091656|gb|CF051650.1|CF051650
genomic: GAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|14243333|gb|BG840971.2|BG840971
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|211035290|gb|FL425632.1|FL425632
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|21394198|gb|BQ538628.1|BQ538628
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|31558361|gb|CD527573.1|CD527573
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|213182765|gb|FM187299.1|FM187299
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: TGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|5030685|gb|AI714879.1|AI714879
genomic: TGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|17921594|gb|BM259245.1|BM259245
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: ATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|60338870|gb|DN205843.1|DN205843
genomic: ATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|37398879|gb|CF636759.1|CF636759
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|20300887|gb|BQ163830.1|BQ163830
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCEST: gi|32797543|gb|CD949779.1|CD949779
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGC
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|37390740|gb|CF632604.1|CF632604
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: GACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|78179376|gb|DV549749.1|DV549749
genomic: GACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: CGGGCATTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAEST: gi|19058225|gb|BM736892.1|BM736892
genomic: CGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCEST: gi|109179476|gb|EC380017.1|EC380017
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGC
EST: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
atatttagatatctatattagtggcaactaattgagtggtgttctgtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA
aactaat putative branch site (score: 365)
tagatatctatatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtcgagagcatgcggtgtagtgatgcgtttgtttgtttatttgcatatttagatatctatattagtggcaactaattgagtggtgttctgtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - -agcatgc
- - - - - - - - - - gtgatgc
- - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgtt