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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaatatattgatgtgcagttctcctgcgtgttcgagaaaaaatgacttctaattatactctcctgaagcaccagattgagagcttctatccatccgcagGATACTTTACAAGTTAATCAAACAAGGGATGCACCCTATCCAGCTGAGGAGAGCATTTGTTCATTCAAATCAAGTAGTCCTATTGATCATGCTTTTGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G472023_T03
intron # 6
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acttctaattatactctcctgaagcaccagattgagagcttctatccatccgcagGATACTTTACAAGTTAATCAAACAAGGGATGCACCCTATCCAGCTGAGGAGAGCATTTGTTCATTCAAATCAAGTAGTCCTATTGATCATGCTTTTGAAG
  ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                      cttctatcc  putative PPT
     taattatact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ttaatatattgatgtgcagttctcctgcgtgttcgagaaaaaatgacttctaattatactctcctgaagcaccagattgagagcttctatccatccgcagGATACTTTACAAGTTAATCAAACAAGGGATGCACCCTATCCAGCTGAGGAGAGCATTTGTTCATTCAAATCAAGTAGTCCTATTGATCATGCTTTTGAAG

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- - - - - - tgtgcag
- - - - - - - - - - -ctcctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaccag
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