Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agatactttcatccttgctacgtgtttcctaacatgaattggtagatagagcttcgcctgttattttcaattgtagttgatatatccctataactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCTTTTGTGCCAAAGGAAAAACACCTTGGGAGGATGTCAAAAGAGAGTATGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G468693_T06
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G468693_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g44890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
agatactttcatccttgctacgtgtttcctaacatgaattggtagatagagcttcgcctgttattttcaattg--tagttgatatatccctataactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCTTTTGTGCCAAAGGAAAAACACCTTGGGAGGATGTCAAAAGAGAGTATGT
    | |   |   ||| ||| ||     |    || ||||  |||||    ||    ||||  |||  ||||  | ||   |  ||  ||  |||||  ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
--gaattgctactgttgttacttggagagttcattgcattgccagatattattttttgtgtttctttttattggtttgtatcttgatttctgcaactgccagGTGCCGCTTCTGTAATGGTTGCCAGAGGTGCCATGTGGAATGCCTCAATTTTTTGTCCCAAAGGAAAAACACCTTGGGAGGATGTCAAAAGAGAGTACGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78022286|gb|DV490673.1|DV490673
EST:     TGGAGATGTCTTTGAGTATGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAG                         GTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCCATGTGGAATGCCTCCATCT
genomic: TGGAGATGTCTTTGAGTATGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAGgtttttgttt ... taactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
EST: gi|211207814|gb|FL427954.1|FL427954
EST:     TGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAG                         GTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
genomic: TGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAGgtttttgttt ... taactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
EST: gi|76015755|gb|DT942925.1|DT942925
EST:     TGGAGATGTCTTTGAGTATGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAG                         GTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
genomic: TGGAGATGTCTTTGAGTATGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAGgtttttgttt ... taactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
EST: gi|211300563|gb|FL370635.1|FL370635
EST:     TGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAG                         GTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
genomic: TGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAGgtttttgttt ... taactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
EST: gi|211529896|gb|FL379285.1|FL379285
EST:     TGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAG                         GNGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT
genomic: TGAGGATTTTAAGAGAATTAAAGATGCAACAGgtttttgttt ... taactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagagcttcgcctgttattttcaattgtagttgatatatccctataactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCTTTTGTGCCAAAGGAAAAACACCTTGGGAGGATGTCAAAAGAGAGTATGT
                                          ctataac  putative branch site (score: 3)
                                       tccctat  CT-rich tract
               ttattttcaattgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agatactttcatccttgctacgtgtttcctaacatgaattggtagatagagcttcgcctgttattttcaattgtagttgatatatccctataactgttagGTGCCGCGTCTGTTATGGTTGCTAGAGGTGCTATGTGGAATGCCTCCATCTTTTGTGCCAAAGGAAAAACACCTTGGGAGGATGTCAAAAGAGAGTATGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA