1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gtttattccttccccagacggccagaccccactcatgtgggagctctggcactgggtctgcacttttatggtctataacaaaatcctctgaatgatgcagAGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTGTTGGTTCGCTCAAGCAAAGGATAATTTCAGTAGCTGCTGCAAACAAGCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G443668_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTGATTGCTACAGAGCTGGGGGAATTGTTTACCTGGGGATCAAATAGAG AGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTGEST: gi|31359144|gb|CD443501.1|CD443501
genomic: TGTGATTGCTACAGAGCTGGGGGAATTGTTTACCTGGGGATCAAATAGAGgtacgtgtga ... aatgatgcagAGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTG
EST: TGTGATTGCTACAGAGCTGGGGGAATTGTTTACCTGGGGATCAAATGGAG AGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTGEST: gi|21987578|gb|BQ779106.1|BQ779106
genomic: TGTGATTGCTACAGAGCTGGGGGAATTGTTTACCTGGGGATCAAATAGAGgtacgtgtga ... aatgatgcagAGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTG
EST: TACAGAGCTGGGGGAATTGTTTACCTGGGGATCAAATAGAG AGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTG
genomic: TACAGAGCTGGGGGAATTGTTTACCTGGGGATCAAATAGAGgtacgtgtga ... aatgatgcagAGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTG
ctggcactgggtctgcacttttatggtctataacaaaatcctctgaatgatgcagAGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTGTTGGTTCGCTCAAGCAAAGGATAATTTCAGTAGCTGCTGCAAACAAGCA
ctataac putative branch site (score: 178)
tataacaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttattccttccccagacggccagaccccactcatgtgggagctctggcactgggtctgcacttttatggtctataacaaaatcctctgaatgatgcagAGGGTCAGCTTGGGTACCCTTCTGTTGATACCCAACCAACACCAAGGCGTGTTGGTTCGCTCAAGCAAAGGATAATTTCAGTAGCTGCTGCAAACAAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - -catgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcactgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaaaa