Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attactactcatgttgtgttggtccttgttttcttttgcttagctgcaattattagacatgggtcttcatattttatttcttgtcacatggacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G420119_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G420119_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g38990.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-------------------------------------------------------------attactactcatgttgtgttggtccttgttttcttttgct---tagctgcaa---------ttattagacatgggtctt---catattttatttcttgtcacatggact--------tttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA
| ||| | || ||| | || | ||| ||| ||| ||| | ||| | | | |||| || | | | ||| ||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||| | || || |||||||
gtaataatcccaactgagtttcctatagagagaaggcaaaataaaaaaggaagtgtactaggtcact-tttattctgtttcagttatgtgcatctattgaagaatagggacaacagagatgctcatttcaaactgatcttaaatatgcagtgatatccaaaatatgaacttatcatgttttcagGTCGTCCCTTCGGTTGCTATTGGTTTCACAACATATGACATGATGAAGAATTTGCTGAGAGTGCCACCCCGAGAGAGACTTTATCAATCGTCTGGTAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148945466|gb|EC890700.2|EC890700
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|71761148|gb|DR959085.1|DR959085
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|5761953|gb|AI966926.1|AI966926
EST:     CAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: CAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|60338979|gb|DN205952.1|DN205952
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|5739909|gb|AI947599.1|AI947599
EST:     GCCAAGGGTGGAGNCAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCCCAACATNCGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|44900406|gb|CK826951.1|CK826951
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|32837555|gb|CD977233.1|CD977233
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|78118637|gb|DV537021.1|DV537021
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|74244724|gb|DT652638.1|DT652638
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|71773996|gb|DR971883.1|DR971883
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAATTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|149079552|gb|EE168537.2|EE168537
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|149013497|gb|EE042998.2|EE042998
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|74234934|gb|DT642848.1|DT642848
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|71324252|gb|DR798826.1|DR798826
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|110941380|gb|EE161537.1|EE161537
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCGTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|37421795|gb|CF648599.1|CF648599
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|5650407|gb|AI920767.1|AI920767
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCCTCAGTAGCT
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCT
EST: gi|148937578|gb|EC881763.2|EC881763
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|149060805|gb|EE157256.2|EE157256
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTTTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|76924684|gb|DV170083.1|DV170083
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|148930077|gb|EE286023.2|EE286023
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|88756309|gb|DY540450.1|DY540450
EST:     GCCAAGGGTGGGGACAACTCTTTGTTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|149027733|gb|EE154578.2|EE154578
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|149042104|gb|EE047082.2|EE047082
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|89249817|gb|DY621603.1|DY621603
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGTTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|67016215|gb|CO444964.1|CO444964
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: gi|84969523|gb|DW467958.1|DW467958
EST:     GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG                         GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 69

TGGCTTCCGTATAAGAGGAACTTTTCAGGGTCTCTTGCTCATCATTCGGTGCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 73

TGGCTTCCGTATAAGAGGAACTTTTCAGGGTCTCTTGCTCATCATTCGGTGCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 96

TGGCTTCCGTATAAGAGGAACTTTTCAGGGTCTCTTGCTCATCATTCGGTGCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 68

TGGCTTCCGTATAAGAGGAACTTTTCAGGGTCTCTTGCTCATCATTCGGTGCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaattattagacatgggtcttcatattttatttcttgtcacatggacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA
                                               cttttc  CT-rich tract
 ttcatattttatttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attactactcatgttgtgttggtccttgttttcttttgcttagctgcaattattagacatgggtcttcatattttatttcttgtcacatggacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCATTGCTTGGAGTTCCTCCCCGAGAGAGAGTCCATGCGTCAGGTGGTAACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - -catgttg
- - - - - - - - tgttggt
- - - - - - - - - - - - cttgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgcaa