Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374881_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggt-catatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
 |   |  ||        || | ||  ||    |   || | |      | |        |||||  | || |||  || ||||  |  | ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || 
gtgcaaacaccattttccatcacttcagtgccccctgtataattatttttgcttgttccacctca--tctcttaacttgattcttctctttcatctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACAGTCACC

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaa-acttgcctcaattttcctaata--tgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
 ||  ||    ||| | |||     |       |  |   || || | ||        ||| |||  | || || ||  |  || |  |  |||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || 
-agagtg--caaagatcattttccatcacttcagtgttccctgtataatattgctggctgcatcacatctcttattacttaattttcctcttcatctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACT

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g53060.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
  |   || |||  ||  | ||   ||| |||         | |   |  | ||  || |  || |  || | |||| |   |||     |||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || 
ttttccatcacttcag--tgttccctgtataat--------attgctggctgcatcacatctctta--ttacttaattttcctct-----tcatctttacagaagtttgtggttaagGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29544030|gb|CB604410.1|CB604410
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|29544379|gb|CB604759.1|CB604759
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|211481573|gb|FL031237.1|FL031237
EST:     GAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: GAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|71320622|gb|DR797046.1|DR797046
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|78543575|gb|DV621073.1|DV621073
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|16919306|gb|BM074128.1|BM074128
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37384781|gb|CF629491.1|CF629491
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|50338298|gb|CO533424.1|CO533424
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTTCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|7135787|gb|AW498266.1|AW498266
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|18180510|gb|BM381720.1|BM381720
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|7216231|gb|AW562353.1|AW562353
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|78109399|gb|DV527815.1|DV527815
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37380555|gb|CF627096.1|CF627096
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|32848451|gb|CD988132.1|CD988132
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|88749443|gb|DY533584.1|DY533584
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|91049302|gb|EB159720.1|EB159720
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|211050109|gb|FL461719.1|FL461719
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|91872633|gb|EB402590.1|EB402590
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|78109398|gb|DV527814.1|DV527814
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37378375|gb|CF625874.1|CF625874
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37387307|gb|CF630846.1|CF630846
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|148967409|gb|EE018635.2|EE018635
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|7216230|gb|AW562352.1|AW562352
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 318

GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 306

GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 253

GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 306

GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
                                  ttctaat  putative branch site (score: 306)
                          taatatgtttctaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA

- - atgactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttct