1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgtgatccttttttcttcttgtgagctggcacatactgcatcatagttagttacgggactagtttggttactctgtgcttgtaccttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGATCCTCCAAAAGGCGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGCACTGGCAAGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G181359_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTNCA-GCTTGGTATEST: gi|148930441|gb|EE284947.2|EE284947
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGT-CAAGCTTGGTAT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148986522|gb|EE030276.2|EE030276
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTT-GTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148941059|gb|EC885918.2|EC885918
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148940274|gb|EC885053.2|EC885053
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|149102256|gb|EE287643.2|EE287643
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148940455|gb|EC885254.2|EC885254
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148981623|gb|EE027766.2|EE027766
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|32843790|gb|CD983471.1|CD983471
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: GTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|149078548|gb|EE167330.2|EE167330
genomic: GTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148933068|gb|EE285985.2|EE285985
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|67042393|gb|CO468648.1|CO468648
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGGTCAGGCTTGGTATEST: gi|67020716|gb|CO449465.1|CO449465
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTG-TCAAGCTTGGTAT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTGGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148943018|gb|EC888066.2|EC888066
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTCCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|148952264|gb|EC898073.2|EC898073
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAANAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|32846351|gb|CD986032.1|CD986032
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: ACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|60401248|gb|DN234055.1|DN234055
genomic: ACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|149077295|gb|EE165971.2|EE165971
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCEST: gi|148968071|gb|EE019406.2|EE019406
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGC
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTEST: gi|149040621|gb|EE046862.2|EE046862
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
EST: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAA GTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
genomic: CGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtgatc ... ttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATT
tcatagttagttacgggactagtttggttactctgtgcttgtaccttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGATCCTCCAAAAGGCGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGCACTGGCAAGA
cttgtacctttttt CT-rich tract
tttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgatccttttttcttcttgtgagctggcacatactgcatcatagttagttacgggactagtttggttactctgtgcttgtaccttttttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGATCCTCCAAAAGGCGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGCACTGGCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA