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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatttcagtatcatttacaagggttttgccagctctaacttttaagttatcatgtcatccctgactccctggaatactgatgaaaatgattctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162672_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149038823|gb|EE155536.2|EE155536
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
EST: gi|211379068|gb|FL028409.1|FL028409
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
EST: gi|211302748|gb|FL028408.1|FL028408
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
EST: gi|61119511|gb|DN560472.1|DN560472
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTGTATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
EST: gi|78120047|gb|DV538431.1|DV538431
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
EST: gi|211379069|gb|FL028410.1|FL028410
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTCTTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
EST: gi|149080582|gb|EE169625.2|EE169625
EST:     TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG                         GTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT
genomic: TTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAGgtatgtctgt ... ttctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttatcatgtcatccctgactccctggaatactgatgaaaatgattctcttcagGTAATAACCCAGATCTGGGTGCTATTGCTAGGAGGGCTTGGATTGGGTGCTTTGTTAGATGTGTGG
                              tactgat  putative branch site (score: 2)
                                             ttctcttc  putative PPT
                                      aaaatgatt  TA-rich tract