1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gctaaaagcagcatgacagttagttcatagataatcatgaaaaattctgctgtaatttcattctcataatactttatattgttgtgaaaatgaatgacagGTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGATGCTGGAGATCCTTACAGAGATCAGATGGAGGATTGTATTGCTTTGATCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G159013_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTCTGACCTAATTGAAAAGGAGCTCTCCGCCTTCTCCAATCCTGAAGAG GTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGATEST: gi|32919107|gb|CF023919.1|CF023919
genomic: TGTCTGACCTAATTGAAAAGGAGCTCTCCGCCTTCTCCAATCCTGAAGAGgtgcactatt ... tgaatgacagGTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGAT
EST: TGTCTGACCTAATTGAAAAGGAGCTCTCCGCCTTCTCCAATCCTGAAGAG GTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGATEST: gi|211045852|gb|FL185952.1|FL185952
genomic: TGTCTGACCTAATTGAAAAGGAGCTCTCCGCCTTCTCCAATCCTGAAGAGgtgcactatt ... tgaatgacagGTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGAT
EST: TGTCTGACCTAATTGAAAAGGAGCTCTCCGCCTTCTCCAATCCTGAAGAG GTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGAT
genomic: TGTCTGACCTAATTGAAAAGGAGCTCTCCGCCTTCTCCAATCCTGAAGAGgtgcactatt ... tgaatgacagGTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGAT
tctgctgtaatttcattctcataatactttatattgttgtgaaaatgaatgacagGTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGATGCTGGAGATCCTTACAGAGATCAGATGGAGGATTGTATTGCTTTGATCA
taatttcattctcata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctaaaagcagcatgacagttagttcatagataatcatgaaaaattctgctgtaatttcattctcataatactttatattgttgtgaaaatgaatgacagGTTATGATATTCTTCAGTGCACATGGTGTGCCACTTACCTATGTTGAGGATGCTGGAGATCCTTACAGAGATCAGATGGAGGATTGTATTGCTTTGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - -gcagcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - -catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgttgt