Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttgtgttgtacaccacgtctcaccaatgattgacttggaagctgcagctcctgaaatggtagctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACCGTGTACGCCATAGAAGGGGGCGCTGGGACTTACAATGGCAAGCCAAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158237_T03
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G158237_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g36670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtgagttgtgttgtacaccacgtctcaccaatgattgacttggaagctgcagctcctgaaatggta-gctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACCGTGTACGCCATAGAAGGGGGCGCTGGGACTTACAATGGCAAGCCAAGG
|| |||||| ||  |||| |    | |||| ||||  |  | || | | || ||||||||||  || |    | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
gtaagttgtatt--acactataagttaccagtgatcaatctagatggtacaactcctgaaattataagtaccgcagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTGTTTGGCAGGGTGATTCAGGGAATGGATTATGTGTACGCCATTGAAGGGGGTGCTGGAACTTACAATGGCAAGCCTAGG

upper sequence: GRMZM2G158237_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA12G03540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
-------------------gtgagt-tgtgttgtacaccacgtctcaccaatgattgac--ttggaagctgcagctcc---tgaaatggtagctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACCGTGTACGCCATAGAAGGGGGCGCTGGGACTTACAATGGCAAGCCAAGG
                   || ||  | | |  | ||     | | | || |  || |   ||   || |       |   | |  ||  | ||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||  ||||| |  || |||||||| || || || |||| ||| || || || 
ttgaagtgtttgtatccatgtcagagtctatgcttcataggttattatcactagtttatagttatgagttatgatatcaatttacttgtaaactttccagGTTGGATGGAGAGCATGTTGTCTTTGGCAGGGTTGTTCAAGGCATGGATATTGTGTATGTAATTGAAGGGGGAGCCGGAACCTACAGTGGAAAACCCAGA

upper sequence: GRMZM2G158237_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv03s0038g02200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---------------------gtgagttgtgttgtaca---ccacgtctcaccaatgattga--cttggaagctgcagctcctgaaatggtagctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACCGTGTACGCCATAGAAGGGGGCGCTGGGACTTACAATGGCAAGCCAAGG
                     |  | || ||  |||||     | |    ||   |   ||   |||   ||    ||    |  | |   | ||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| || ||||| ||||| |  || ||| | |||||||| || ||||| || |||||||| || || |||
gttgctccatgctctagatatgaaacttctgc-gtacaagttaatgatctacatgtagatgttccttaccagtaaaagaatatccatttaaaacttggcagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTATTGGGCAAGGTTATTCAAGGCATGGACATTGTCTACACAATAGAAGGTGGAGCTGGAACCTACAATGGAAAACCCAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76926335|gb|DV170814.1|DV170814
EST:     CTTGATTTTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|87155387|gb|DY400176.1|DY400176
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|71434184|gb|DR815234.1|DR815234
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATCC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|30704819|gb|CD058611.1|CD058611
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|30704816|gb|CD058610.1|CD058610
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|213175357|gb|FM185315.1|FM185315
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|16926545|gb|BM079613.1|BM079613
EST:     GTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGAATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: GTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|67015837|gb|CO444586.1|CO444586
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|32825245|gb|CD964967.1|CD964967
EST:     GATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: GATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|78080821|gb|DV509233.1|DV509233
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|78024054|gb|DV492441.1|DV492441
EST:     CTTGATTTTAATGGATTTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTTGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|76926341|gb|DV170815.1|DV170815
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|26558040|gb|CA830275.1|CA830275
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTC
EST: gi|61118773|gb|DN559734.1|DN559734
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|60346388|gb|DN213361.1|DN213361
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|76922696|gb|DV169126.1|DV169126
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|91877249|gb|EB407206.1|EB407206
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCCGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|76922694|gb|DV169125.1|DV169125
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|31355561|gb|CD439918.1|CD439918
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
EST: gi|211328997|gb|FL454093.1|FL454093
EST:     CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTG                         GTAGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC
genomic: CTTGATTCTAATGGATCTCAGTTTTACATAACTACTATCAAGACAAGCTGgtgagttgtg ... agctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgtctcaccaatgattgacttggaagctgcagctcctgaaatggtagctttgtagGTTGGATGGGGAGCATGTTGTCTTCGGCAGGGTGATCCAAGGAATGGATACCGTGTACGCCATAGAAGGGGGCGCTGGGACTTACAATGGCAAGCCAAGG
            gattgac  putative branch site (score: 3)
         aatgatt  TA-rich tract