Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatttaactgttgggtggttctgctttcactactttgcaatatgctaacaaatagtcaaatacaagttcaggaattaaaagtttgtagttgattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G153434_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32837225|gb|CD976903.1|CD976903
EST:     TTGGTTGACCAATACAATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|22549090|gb|BU101291.1|BU101291
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|71307331|gb|DR789850.1|DR789850
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCCAG-AGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGT
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCC-AGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGT
EST: gi|26559131|gb|CA831366.1|CA831366
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|32836692|gb|CD976370.1|CD976370
EST:     TTGGTTGACCAATACAATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|211278622|gb|FL264828.1|FL264828
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|89106847|gb|DY577064.1|DY577064
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|32838489|gb|CD978167.1|CD978167
EST:     TTGGTTGACCAATACAATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|120479959|gb|EH210676.1|EH210676
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|89106878|gb|DY577095.1|DY577095
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|22521517|gb|BU080328.1|BU080328
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|26558987|gb|CA831222.1|CA831222
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|78082255|gb|DV510667.1|DV510667
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
EST: gi|211278621|gb|FL264827.1|FL264827
EST:     TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACAT                         GTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC
genomic: TTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 5

CAGATACTACAGTTCTTATTCCAAGCTCACCTATCCCTGTTAATATGAAATTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 44

CAGATACTACAGTTCTTATTCCAAGCTCACCTATCCCTGTTAATATGAAATTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA


Block sizes: 35 (upstream exon), 39 (downstream exon)
Score: 15

CAGATACTACAGTTCTTATTCCAAGCTCACCTATCCCTGTTAATATGAAATTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 79

CAGATACTACAGTTCTTATTCCAAGCTCACCTATCCCTGTTAATATGAAATTGGTTGACCAATACCATGGAAGCAGCTCCAACGCTGACTACTACTACATgtaatcttct ... gattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taacaaatagtcaaatacaagttcaggaattaaaagtttgtagttgattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA
                           aattaaaagtttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatttaactgttgggtggttctgctttcactactttgcaatatgctaacaaatagtcaaatacaagttcaggaattaaaagtttgtagttgattgtacagGTCAGCAAGGTCCTTGTCCAGGAGTCCAGTGCCAACTGCTGGTATATGGTCCGGCAGTAATCGTCAATCATCAAGAAGTCCTCCACAAATGAATGATCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT