1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atgcttatactgatatatatgcagtaataaacatgagacattaaacaaatgactgtttggcccagtatctaaatcttgtcaccttcccattatttttcagGTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTACCACATTGAGCTGGACCCTCAACTTGAAGCTCTTGTTGGAAGGTAACTTTCCATGTTTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G141903_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATTCTTTTATGGCCATGACAACCATGACCAACTTGTGAAGATTGCAAAG GTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTACCACATTGAGEST: gi|19351815|gb|BM896347.1|BM896347
genomic: CATTCTTTTATGGCCATGACAACCATGACCAACTTGTGAAGATTGCAAAGgtaagcgtta ... tatttttcagGTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTACCACATTGAG
EST: CATTCTTTTATGGCCATGACAACCATGACCAACTTGTGAAGATTGCAAAG GTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACEST: gi|32849417|gb|CD989098.1|CD989098
genomic: CATTCTTTTATGGCCATGACAACCATGACCAACTTGTGAAGATTGCAAAGgtaagcgtta ... tatttttcagGTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAAC
EST: CATTCTTTTATGGCCATGACAACCATGACCAACTTGTGAAGATTGCAAAG GTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTA
genomic: CATTCTTTTATGGCCATGACAACCATGACCAACTTGTGAAGATTGCAAAGgtaagcgtta ... tatttttcagGTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTA
caaatgactgtttggcccagtatctaaatcttgtcaccttcccattatttttcagGTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTACCACATTGAGCTGGACCCTCAACTTGAAGCTCTTGTTGGAAGGTAACTTTCCATGTTTT
atctaaa putative branch site (score: 223)
ccttcccattattttt putative PPT
attatttttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgcttatactgatatatatgcagtaataaacatgagacattaaacaaatgactgtttggcccagtatctaaatcttgtcaccttcccattatttttcagGTCCTTGGAACAGATGGGCTGAATTCTTATTTGAACAAGTACCACATTGAGCTGGACCCTCAACTTGAAGCTCTTGTTGGAAGGTAACTTTCCATGTTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
atgctta
- - - -tactgat
- - - - - - - - atatgca
- - - - - - - - - - - - -aataaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgttt