Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G139462_T06
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G139462_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g73450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGA
                                                                                                                                             ||||| || || ||||||| ||  || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||                                         
gagtttgaacttgtctttctataatgatttctcaaataaacatcattgtctcattttgtttattccatcttacaatggctttttttctttcattttgcagTCAATGCAGAGGTAGTACTTAAGGCAACAAATGTTGACGGTGTGTACGACGCAGACCCCAAGCGTAACCCAAATGCCCGCCTTCTTGAGGCTGTGAGCTA-----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74244525|gb|DT652439.1|DT652439
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGC
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGC
EST: gi|16377611|gb|BI992021.1|BI992021
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|86468320|gb|DY234690.1|DY234690
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|211532297|gb|FL466472.1|FL466472
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|76285329|gb|DV024897.1|DV024897
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|60343359|gb|DN210332.1|DN210332
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|91878695|gb|EB408652.1|EB408652
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|74235298|gb|DT643212.1|DT643212
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|71758718|gb|DR956655.1|DR956655
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|13126431|gb|BG317001.1|BG317001
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|78076647|gb|DV505081.1|DV505081
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|86466838|gb|DY233208.1|DY233208
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|211243939|gb|FL442196.1|FL442196
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|211175203|gb|FL094960.1|FL094960
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATAGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCNGCCTTCTGGAGA
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAAT-GTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCC-GCCTTCTGGAGACTGTGAGCT
EST: gi|50335607|gb|CO530733.1|CO530733
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|78106045|gb|DV524463.1|DV524463
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|78119796|gb|DV538180.1|DV538180
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGGTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|78119797|gb|DV538181.1|DV538181
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGATTCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTA
EST: gi|78106046|gb|DV524464.1|DV524464
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCC-AGGCAGAATCCAA
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAA
EST: gi|148960320|gb|EE153576.2|EE153576
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAAT-TTGATGGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGAC
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGAT-GGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGT
EST: gi|74235299|gb|DT643213.1|DT643213
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGATAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTTCTGGAGAC
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTT-CTGGAGACTGTGAGCTAT
EST: gi|76013764|gb|DT940934.1|DT940934
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|6918328|gb|AW399858.1|AW399858
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|16926403|gb|BM079471.1|BM079471
EST:     CCGAAATCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: CCGAAATCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|71437591|gb|DR818641.1|DR818641
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCCAG-CAGAATC-AAAT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCC-AGGCAGAATCCAAAT
EST: gi|60395240|gb|DN228109.1|DN228109
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|71766564|gb|DR964501.1|DR964501
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCAT
EST: gi|50326141|gb|CO521267.1|CO521267
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT
EST: gi|76291661|gb|DV031229.1|DV031229
EST:     TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGT                         GTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACT
genomic: TCAATGCAGAGGTAGTGCTGAAAGCAACAAATGTTGATGGTg ... gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gGTGTATGATGCGGACCCCAGGCAGAATCCAAATGCCCGCCTTCTGGAGACTGTGAGCTATCATGAAGTTACGACAAGAGATCTCTCAGTAATGGATATGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC