Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttatctgttatcaacttgtttaagctgttaattgatctattgttgtatattaataccttgaacatggttataccttctctctgttaatcattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G134862_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G134862_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os10g30640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
------------------------------------------------------------gtgagtttatctgttatca--acttgtttaagc-tgttaattgatctattgttgtatattaataccttgaacatggttataccttctctc------tgttaatcattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG
                                                               | ||       | |    | ||  ||| |    ||| ||     |   || |   |    |  | | ||||| || |   || ||||       ||   |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| | | |||  ||||||||| |     | |   |
gtgagtttcttgcaaaatctgtaatcgcgtaactggcaagtaatttttgggcatcacatgacaaattgcctcactcttggtatttacttaggagcattacttttatcacgattctccttgttaagttgggacatgtttgttttttttctcattttccgtactttgttttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTAGAGGAGGTGTATTATGATGTGAAGATTCGAGGACTTGTACCAGGGGAGTCCAAACAAGAGGCAGCTTAGCAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211468305|gb|FL243201.1|FL243201
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|211468307|gb|FL243203.1|FL243203
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|88748677|gb|DY532818.1|DY532818
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTTTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|211145650|gb|FL480705.1|FL480705
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|78109960|gb|DV528375.1|DV528375
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|88747276|gb|DY531417.1|DY531417
EST:     GTTTAGGATGCGGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|6994090|gb|AW453304.1|AW453304
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|76285577|gb|DV025145.1|DV025145
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGA
EST: gi|113840306|gb|DW965115.1|DW965115
EST:     CGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: CGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|71448432|gb|DR829482.1|DR829482
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|74240450|gb|DT648364.1|DT648364
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|116825815|gb|EC869559.1|EC869559
EST:     GTTTAGGATG-TGAATCTGCGCAATGACTTCT-GCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|86470223|gb|DY236593.1|DY236593
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|60340983|gb|DN207956.1|DN207956
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|194717187|gb|FK934340.1|FK934340
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|93016579|gb|EB642099.1|EB642099
EST:     GTTTAGGATGCGGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTATTATGATGTGAAGA
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGA
EST: gi|166410659|gb|EG149298.1|EG149298
EST:     GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATG                         GGAATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAG
genomic: GTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGA-TGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 82

TATGACTGTCCTAAAAGGGTTTTGGGCTTCTTGACCGATCTTCATGCTTCGTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 35

TATGACTGTCCTAAAAGGGTTTTGGGCTTCTTGACCGATCTTCATGCTTCGTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG


Block sizes: 45 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 24

TATGACTGTCCTAAAAGGGTTTTGGGCTTCTTGACCGATCTTCATGCTTCGTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG


Block sizes: 43 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 17

TATGACTGTCCTAAAAGGGTTTTGGGCTTCTTGACCGATCTTCATGCTTCGTTTAGGATGCTGAATCTGCGCAATGACTTCTTGCGTAAGAAATTTGATGgtgagtttat ... cattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatattaataccttgaacatggttataccttctctctgttaatcattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG
                                            tcatttt  CT-rich tract
                                        ttaatcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtttatctgttatcaacttgtttaagctgttaattgatctattgttgtatattaataccttgaacatggttataccttctctctgttaatcattttgcagGGATGAAGTATGATTTGAGGAGGGTGGAAGAGGTCTACTATGATGTGAAGATCCGTGGACTTGTACCTGCGTAGTTGAAACAAGAGACTTAGAATCCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA