1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttgctcatttctagtgctatgtaattgctgccaacatttaccatataatcatgtaatcttaatagccatgaatacctcaataatctcccatgtcatgtagGTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G130440_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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genomic: TGGAGTTGTGGGTGTTATAACGGCATTTAATTTCCCTTGTGCTGTGCTTGgtaagtctct ... tgtcatgtagGTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTG
EST: TGGAGTTGTGGGTGTTATAACGGCATTTAATTTCCCTTGTGCTGTGCTTG GTTGGAATGCTTGCATTGCT
genomic: TGGAGTTGTGGGTGTTATAACGGCATTTAATTTCCCTTGTGCTGTGCTTGgtaagtctct ... tgtcatgtagGTTGGAATGCTTGCATTGCT
taatcatgtaatcttaatagccatgaatacctcaataatctcccatgtcatgtagGTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTG
tcttaat putative branch site (score: 302)
tctcccat putative PPT
atgtaatcttaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgctcatttctagtgctatgtaattgctgccaacatttaccatataatcatgtaatcttaatagccatgaatacctcaataatctcccatgtcatgtagGTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTG
-tgctcat
- - - - - - - tgctatg
- - - - - - - - - - - - ttgctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgaa