1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gtagctcgctgttctcactgtatcaagctggtcttattttaaaatatggttaataatcacatgcaagctaagttaatgtgttttactctttaaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGTTTACTTCACTAACAATTATAGCCAGTGTGATAATGTTCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G129268_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAG GCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGEST: gi|211394432|gb|FL356656.1|FL356656
genomic: GTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAGgtaattgttc ... taaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATG
EST: CACTGATTGTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAG GCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGEST: gi|60355925|gb|DN222898.1|DN222898
genomic: CACTGATTGTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAGgtaattgttc ... taaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATG
EST: CACTGATTGTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAG GCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGEST: gi|60355918|gb|DN222891.1|DN222891
genomic: CACTGATTGTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAGgtaattgttc ... taaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATG
EST: CACTGATTGTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAG GCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGEST: gi|5846795|gb|AI999878.1|AI999878
genomic: CACTGATTGTAGCTACCTGTGTGAGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAGgtaattgttc ... taaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATG
EST: AGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAG GCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATG
genomic: AGCACCCAGATTAACTATCTAAATAAGgtaattgttc ... taaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATG
atggttaataatcacatgcaagctaagttaatgtgttttactctttaaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGTTTACTTCACTAACAATTATAGCCAGTGTGATAATGTTCAAG
agttaat putative branch site (score: 66)
ttttactcttt putative PPT
ttttactctttaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagctcgctgttctcactgtatcaagctggtcttattttaaaatatggttaataatcacatgcaagctaagttaatgtgttttactctttaaattgcagGCATTGGATACATTTAATACAGCAGTAGTCTCACCAATATATTATGTGATGTTTACTTCACTAACAATTATAGCCAGTGTGATAATGTTCAAG
- - - -gctgttc
- - - - - - - - -ctgtatc
- - - - - - - - - - - - - gctggtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaagc