1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gtcaacgttgtctaaattatgtccctgacttccttgtatagttatattcataccggatttgactgcccccattcatatgagctaactgaaaattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACACTGTAACACTGTTTGCTAAGGTTGTTGACAATTTTAAGGTCCGTGCTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G128995_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCCTCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|19351863|gb|BM896395.1|BM896395
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCA-GCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCCTCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|40334835|gb|CK368905.1|CK368905
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: CCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCCTCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|87153287|gb|DY398076.1|DY398076
genomic: CCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCCTCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|71427970|gb|DR809020.1|DR809020
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|148954149|gb|EC899548.2|EC899548
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|31348626|gb|CD432983.1|CD432983
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCCTCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|60358961|gb|DN225934.1|DN225934
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|67032136|gb|CO460885.1|CO460885
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCCTCTAAAA-GCTCTATGAAGA-AATGAATATGCTCTCTACEST: gi|148968978|gb|EE019672.2|EE019672
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|22491457|gb|BU051380.1|BU051380
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCEST: gi|211452191|gb|FL398498.1|FL398498
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTC
EST: TCCCAAAAAGACTGGGTGTCTAGCTATGAGGAAATTGGACACATTTCGGG GTCCCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTEST: gi|67018576|gb|CO447325.1|CO447325
genomic: TCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTG-ACACATT-CGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCT
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|149010225|gb|EE042044.2|EE042044
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|149000734|gb|EE037952.2|EE037952
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|149098811|gb|EE184822.2|EE184822
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|148963815|gb|EE014912.2|EE014912
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|78076481|gb|DV504915.1|DV504915
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: AAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACNTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|67013699|gb|CO442448.1|CO442448
genomic: AAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTG GTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACEST: gi|71427969|gb|DR809019.1|DR809019
genomic: ACTCCCAAAAAGACTGGTTGTCAAGCTATGAGAAAATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
EST: AATTGACACATTCGTG GTCCCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
genomic: AATTGACACATTCGTGgtaaggttaa ... aattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTAC
attcataccggatttgactgcccccattcatatgagctaactgaaaattttatagGTACCTAGGTCATCTAAAAAGCTCTATGAAGACAATGAATATGCTCTCTACACTGTAACACTGTTTGCTAAGGTTGTTGACAATTTTAAGGTCCGTGCTC
agctaac putative branch site (score: 2)
taactgaaaattttat TA-rich tract