Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtctagcccttaccctctcacacatttgtgtgtggtatctaggattttaataaatgatgcttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G128121_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G128121_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gttcgtctagcccttac--cctctcacacatttgtgtgtggtatctaggattttaata-----aatgatgcttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA
|| ||      |   ||   |  |  ||||  ||||||||| ||   |  ||||| |      | |  |  |  |||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| 
gtacgctctctctccacatgcattggcacacctgtgtgtgg-ataaggacttttagttctgacactcgttttctttgcagCATGTCTGTTGTTGAGGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGG

upper sequence: GRMZM2G128121_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT5G50850.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
------------------gttcg-tctagcccttaccctctcacacatttgtgtgtggtatctaggattttaataaatgatgcttgttg-----cagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA
                   |||  |  ||  ||||   || |    |||      | || |  |       | ||||   |    ||       |||   ||| ||||||||||| ||||||  |||| | ||||| || || |||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||
gttaacttcaattccttaattcaatagagatcttattatcacctggattgtataatagttttaaaacacggattaaactttttccgtaatggatcagTGCGTCGGTTGTAGAAGAGAGCTTTTCGTACTTGGATGCACCGGTCGAGAGGATTGCAGGAGCTGATGTTCCAATGCCGTATGCAGCTAACCTAGAGAGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78115877|gb|DV534265.1|DV534265
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|18165127|gb|BM334966.1|BM334966
EST:     TGACTGTT-AAGGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAAATATG                         CATGTCTGTT-TAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: TGACTGTTGAA-GAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|148971222|gb|EE022081.2|EE022081
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|110220018|gb|EC901916.1|EC901916
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|78104220|gb|DV522638.1|DV522638
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|24769217|gb|CA404346.1|CA404346
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|71325375|gb|DR799361.1|DR799361
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|93013442|gb|EB638962.1|EB638962
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|71331066|gb|DR802363.1|DR802363
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|18168292|gb|BM338132.1|BM338132
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTG-AGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|4647343|gb|AI622418.1|AI622418
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|32856323|gb|CD996004.1|CD996004
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|33942400|gb|CF349000.1|CF349000
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|211417439|gb|FL345693.1|FL345693
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|71429465|gb|DR810515.1|DR810515
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|149109553|gb|EE293365.2|EE293365
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|60341592|gb|DN208565.1|DN208565
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|4730273|gb|AI649439.1|AI649439
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|78081841|gb|DV510253.1|DV510253
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|18661120|gb|BM501222.1|BM501222
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|78180140|gb|DV550513.1|DV550513
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|12045820|gb|BF727959.1|BF727959
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|31348876|gb|CD433233.1|CD433233
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|76290822|gb|DV030390.1|DV030390
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|211179193|gb|FL462626.1|FL462626
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|76021492|gb|DT948662.1|DT948662
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCCGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|6859967|gb|AW355961.1|AW355961
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
EST: gi|71762956|gb|DR960893.1|DR960893
EST:     GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATG                         CATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG
genomic: GTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 141

CACTTGATAGAGCTGCTATTAATGCATCTGTTAGGAAAACCAACCGATTGGTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 170

CACTTGATAGAGCTGCTATTAATGCATCTGTTAGGAAAACCAACCGATTGGTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 131

CACTTGATAGAGCTGCTATTAATGCATCTGTTAGGAAAACCAACCGATTGGTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 383

CACTTGATAGAGCTGCTATTAATGCATCTGTTAGGAAAACCAACCGATTGGTGACTGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGGATTGGTGCCGAGATATGgttcgtctag ... cttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctcacacatttgtgtgtggtatctaggattttaataaatgatgcttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA
                              ttttaat  putative branch site (score: 383)
                             attttaataaatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttcgtctagcccttaccctctcacacatttgtgtgtggtatctaggattttaataaatgatgcttgttgcagCATGTCTGTTGTAGAAGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC