Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctatggatccttcactatctagcagtcaatatgcttcagttcaaattgtttgcattttctttcctttgttggtctgacatgtaaaactttatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G116919_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37421879|gb|CF648643.1|CF648643
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|76917612|gb|DV166918.1|DV166918
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|50332246|gb|CO527372.1|CO527372
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|78544504|gb|DV622002.1|DV622002
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|88756479|gb|DY540620.1|DY540620
EST:     AATCTTGGAATCCGATGGGGTTTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGGTTCTGTCCTTCAGG
genomic: AATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|34391285|gb|CF384513.1|CF384513
EST:     TTCATCCTGGATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|78123531|gb|DV541915.1|DV541915
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|71420480|gb|DR805114.1|DR805114
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|67022830|gb|CO451579.1|CO451579
EST:     GAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCTTTCATG
genomic: GAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|31364477|gb|CD448832.1|CD448832
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCCATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|4804485|gb|AI665355.2|AI665355
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|37382371|gb|CF628128.1|CF628128
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCCATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|5343079|gb|AI795489.1|AI795489
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|71756603|gb|DR954540.1|DR954540
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|8103224|gb|AW927877.1|AW927877
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCCATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|60346203|gb|DN213176.1|DN213176
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|78024877|gb|DV493264.1|DV493264
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|71320224|gb|DR796871.1|DR796871
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|9742575|gb|BE518723.1|BE518723
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|60341447|gb|DN208420.1|DN208420
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|16920917|gb|BM074893.1|BM074893
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgtttgcattttctttcctttgttggtctgacatgtaaaactttatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
                           gtctgac  putative branch site (score: 3)
                                  atgtaaaactttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctatggatccttcactatctagcagtcaatatgcttcagttcaaattgtttgcattttctttcctttgttggtctgacatgtaaaactttatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG

- - tggatcc
- - - - - - - - - - - gcagtca
- - - - - - - - - - - - - - - - -gcttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtaa