Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtataaaaggataactcagttcacttgtatcttctgttatatggcgaaagaaatatgtctatacttatttattttatgtattctcacttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAATGCGACTCTTCCCAAGGGCACATATGTGAAATTGCAACCTCACACAACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114220_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G114220_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os04g48770.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtatgta-taaaaggataactcagttcacttgtatcttctgttatatggcgaaagaaatatgtctatacttatttattttatg---tattctcacttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAATGCGACTCTTCCCAAGGGCACATATGTGAAATTGCAACCTCACACAACTG
||||||| ||    |   | |   || |||  ||||| |  ||||||  | ||||||| || |  |  || ||||||  |||      |||  |  |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||
gtatgtaatatgcagtggattttctttactgatatctgcaattatattcc-aaagaaacatattga--ctgatttatgctataattctttcatatatgtgcagATGATGCAAAACATGCTTCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCGTGTAAAAAATACAACCCTTCCCAAGGGTACATATGTCAAGTTGCAGCCTCACACAACTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211389874|gb|FL156779.1|FL156779
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|211389876|gb|FL156781.1|FL156781
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCC-TATTGG                         ATGATGCAAAACATGCT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCT
EST: gi|211389878|gb|FL156783.1|FL156783
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCC-TATTGG                         ATGATGCAAAACATGCT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCT
EST: gi|211392499|gb|FL156788.1|FL156788
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|50338446|gb|CO533572.1|CO533572
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTA
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTA
EST: gi|32850146|gb|CD989827.1|CD989827
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|76909136|gb|DV163240.1|DV163240
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|6637070|gb|AW261342.1|AW261342
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTCAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|71417924|gb|DR804257.1|DR804257
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|91049005|gb|EB159423.1|EB159423
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|32859779|gb|CD999460.1|CD999460
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|32862738|gb|CF002420.1|CF002420
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|211395124|gb|FL156801.1|FL156801
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTNCA-GAGGGTGACACTGGTC-ATGTAAAAA
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTT-CAAGAGGGTGACACTG-TCCATGTAAAAA
EST: gi|91873355|gb|EB403312.1|EB403312
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|14242735|gb|BG840580.2|BG840580
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|213183590|gb|FM196389.1|FM196389
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
EST: gi|93015584|gb|EB641104.1|EB641104
EST:     GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGG                         ATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT
genomic: GTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGGCATGATCATCATGCCCTATTGGgtatgtataa ... acttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atggcgaaagaaatatgtctatacttatttattttatgtattctcacttgtttagATGATGCAAAACATGCTGCTTCAAGAGGGTGACACTGTCCATGTAAAAAATGCGACTCTTCCCAAGGGCACATATGTGAAATTGCAACCTCACACAACTG
                                        ttctcac  putative branch site (score: 2)
                                        ttctcactt  CT-rich tract
      aaagaaatatgtctat  TA-rich tract