Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtattgtggtgtactactgtcaatatggatttctagttttctttctaacgtaatcgtttatggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAGTACGTGCGGGGTAATAATGTTCAATGCAAAACCAGCCATGGTTAGTGGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108919_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9731934|gb|BE510686.1|BE510686
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|108953688|gb|EC364843.1|EC364843
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|89247954|gb|DY619740.1|DY619740
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTTTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|6563947|gb|AW231569.1|AW231569
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|211110914|gb|FL481563.1|FL481563
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|50329632|gb|CO524758.1|CO524758
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCCCCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGC
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGC
EST: gi|108953655|gb|EC364823.1|EC364823
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|78085156|gb|DV513549.1|DV513549
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGGTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTTTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
EST: gi|32859080|gb|CD998761.1|CD998761
EST:     TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGG                         GAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG
genomic: TACCCTTATAGATCATATGGAGCACCGTACTTCCCCCCATACGGTTATGGgtaagtattg ... ggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtcaatatggatttctagttttctttctaacgtaatcgtttatggttttgcagGAGGGCTCCTAGATTCCGCCGCCCTATGCGCTACAGACCTTACTTCTGAAGTACGTGCGGGGTAATAATGTTCAATGCAAAACCAGCCATGGTTAGTGGT
                          ttctaac  putative branch site (score: 1)
                    ttttcttt  TA-rich tract