Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgcttgacctatcatgactctagcctatagtatcatttctccacttccctaatcttgaaacttgaatgtagATCAATTTACATTTGGTGGCTGCAGAAGAAGCTCTTGCATTGTCGATATGGACTATGGCTACAGTTTGTCGTTCTCTGTCTTTGGAAAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107651_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107651_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g05200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtatatgcttgacctatcatgactctagcctatagtatcatttctcca-cttccctaatcttgaaacttgaatgt-agATCAATTTACATTTGGTGGCTGCAGAAGAAGCTCTTGCATTGTCGATATGGACTATGGCTACAGTTTGTCGTTCTCTGTCTTTGGAAAGT
||  |||  ||  || |   || | |    |  || |  ||  | ||| ||||||||| | ||||| || | | | || |||||   | ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||| || ||||| | ||||||
gtgaatgtgtggtctttagagatt-tgttttgaagcacaatgcccccagcttccctaaccatgaaattttattattagGTCAATGCCCGTTTGGCGGCTGCAGAAGAAGCTATCGCATTATCGATATGGACTACAGCTACAATTTGTCGTGCTTTGTCTCTCGAAAGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actctagcctatagtatcatttctccacttccctaatcttgaaacttgaatgtagATCAATTTACATTTGGTGGCTGCAGAAGAAGCTCTTGCATTGTCGATATGGACTATGGCTACAGTTTGTCGTTCTCTGTCTTTGGAAAGT
                              ccctaat  putative branch site (score: 3)
         tatagtat  TA-rich tract