Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctaagctagactactggcacacttgaatcctaacgaaacaatatggaaatacaatggaattttgattactctgactcactgcatgtttctttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G103812_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G103812_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g68770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--ctaagctagactactggcacacttgaatcctaacgaaacaatatggaaatacaatggaattttgattactctgac-tcact-gcatgtttctttata-atcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT
  || |   | ||| |     || | ||||  |   | |    |   |||  ||||    |||||  |  ||   |  | |||   |||   | |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||
ttctgaagaacacttcatctgcattggaattgtg-tgtacttgttctgaagaacaa----attttagtcgcttaaatattactcatatgaaccatcttgtatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCCTGGATGGGAAGAGGATATATGTGACCAACTCTCTTTTCAGCCGATGGGACGAGCAGT

upper sequence: GRMZM2G103812_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA05G28400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
ctaagctagactactggcacacttgaatcctaacgaaacaatatggaaatacaatggaattttgattactctgac-tcactgcat--gtttctttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT
 ||   ||   || ||  |  ||| || | |     |  | |      |||   | ||   || | |  | | |  | |    ||     | || ||  ||||||  ||    | |||| ||| || |||||||||||| |||| |||||||| ||| || |||| || ||||||||||| |||||   ||||||| | || |
-tattttatctta-tgtgatgcttaaa-cgtggtacataattgcactcataattttgaccctttagtggtttaaggtgaagagatcaaaattttaattttcagGGAAATAAGTTGAGAGCTGGCCCTCAGATGATTCAGTTGAGTTTGGATGGTAAGCGGCTATATGTTACAAACTCACTCTTCAGTGCATGGGATAAACAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211089067|gb|FL455591.1|FL455591
EST:     ATGTTACTGATGATGGYCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCAYCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|213168528|gb|FM182554.1|FM182554
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5018190|gb|AI714383.1|AI714383
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5895606|gb|AW036852.1|AW036852
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|24764670|gb|CA399834.1|CA399834
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211457416|gb|FL442749.1|FL442749
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211390970|gb|FL320912.1|FL320912
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211160333|gb|FL327725.1|FL327725
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAMCAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|110952787|gb|EE172839.1|EE172839
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5847420|gb|AW000499.1|AW000499
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|29544767|gb|CB605375.1|CB605375
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5525784|gb|AI861677.1|AI861677
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|148944094|gb|EC889179.2|EC889179
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|149000019|gb|EE037117.2|EE037117
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211283756|gb|FL354686.1|FL354686
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|92088178|gb|EB484409.1|EB484409
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|110952431|gb|EE172483.1|EE172483
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|148952144|gb|EC897938.2|EC897938
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|60344862|gb|DN211835.1|DN211835
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|6022344|gb|AW067272.1|AW067272
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|30087643|gb|CB885849.1|CB885849
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|32846791|gb|CD986472.1|CD986472
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|38502601|gb|CF972461.1|CF972461
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCCCAAATGATTCAGCTGAACTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|24769144|gb|CA404273.1|CA404273
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGACCAGCAGTCCAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|60340528|gb|DN207501.1|DN207501
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|60349764|gb|DN216737.1|DN216737
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|24767839|gb|CA402975.1|CA402975
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5124247|gb|AI745983.1|AI745983
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCNCAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|83279371|gb|DV943379.1|DV943379
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211450564|gb|FL307828.1|FL307828
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|37378127|gb|CF625726.1|CF625726
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|78076644|gb|DV505078.1|DV505078
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5455642|gb|AI833332.1|AI833332
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211147914|gb|FL198601.1|FL198601
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|5456174|gb|AI833864.1|AI833864
EST:     AATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAANAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGG
genomic: AATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTT-AGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGG
EST: gi|24763113|gb|CA398296.1|CA398296
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|32840474|gb|CD980155.1|CD980155
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|18172411|gb|BM347799.1|BM347799
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|71595719|gb|DR906470.1|DR906470
EST:     TCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: TCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|78025127|gb|DV493514.1|DV493514
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|37394850|gb|CF634703.1|CF634703
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|6465688|gb|AW191147.1|AW191147
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|37399507|gb|CF637083.1|CF637083
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|24763997|gb|CA399166.1|CA399166
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|91054487|gb|EB164905.1|EB164905
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|6994143|gb|AW453357.1|AW453357
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|67021527|gb|CO450276.1|CO450276
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|60396218|gb|DN229087.1|DN229087
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|31362486|gb|CD446843.1|CD446843
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|24769120|gb|CA404249.1|CA404249
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|148955554|gb|EC901190.2|EC901190
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|31356060|gb|CD440417.1|CD440417
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|31361931|gb|CD446288.1|CD446288
EST:     ATGTTACTTATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|60344875|gb|DN211848.1|DN211848
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|4834942|gb|AI670168.1|AI670168
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|60397758|gb|DN230574.1|DN230574
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|40334707|gb|CK368777.1|CK368777
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|71767040|gb|DR964977.1|DR964977
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211260820|gb|FL469976.1|FL469976
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|31348673|gb|CD433030.1|CD433030
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|37397391|gb|CF635993.1|CF635993
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|113703363|gb|EE680867.1|EE680867
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|149109882|gb|EE293686.2|EE293686
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|110202117|gb|EC884014.1|EC884014
EST:     TGTTACTGATGATGGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: TGTTACTGATGAT-GGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|149005327|gb|EE039878.2|EE039878
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
EST: gi|211422963|gb|FL360562.1|FL360562
EST:     ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTATAATGTGCCTCAAGTCAAG                         GGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC
genomic: ATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 259

TGGACAAGTATGGGTTGGTGGTCTTCTTCAGAAGGGCAGTGATGTCGTCTATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 770

TGGACAAGTATGGGTTGGTGGTCTTCTTCAGAAGGGCAGTGATGTCGTCTATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 329

TGGACAAGTATGGGTTGGTGGTCTTCTTCAGAAGGGCAGTGATGTCGTCTATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 284

TGGACAAGTATGGGTTGGTGGTCTTCTTCAGAAGGGCAGTGATGTCGTCTATGTTACTGATGATGGTCAGGAACAGCAGTACAATGTGCCTCAAGTCAAGgtaatctccc ... ttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaatacaatggaattttgattactctgactcactgcatgtttctttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT
                           gactcac  putative branch site (score: 284)
                                      tgtttcttt  putative PPT
                                     atgtttctttataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctaagctagactactggcacacttgaatcctaacgaaacaatatggaaatacaatggaattttgattactctgactcactgcatgtttctttataatcagGGTCATCGACTTAGAGGTGGGCCACAGATGATTCAGCTGAGCTTGGATGGCAAGAGGATATACGTGACAAACTCACTTTTCAGCCGATGGGATGAGCAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- - - - - ctactgg
- - - - - - - - - - - -tgaatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatgt