Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G103430_T05
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os11g14430.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
|| | |||| |||| ||||   |   |  ||| |     | | || | | |||  || ||   | ||  | |  |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||
gtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatat---tgacattgtagtctgtctttatggacttttctcct--tttttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTCCCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTTGGATATGTTCT

upper sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os10g06130.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-----------gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttg--ctttattaacat-aatacttttg--gcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
           || |  |    || |||| |    ||||   || || ||  |||||||  ||  | |||   | || |    || || | |||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || || ||||| ||
atatgctttaagtaactctgaatacccatgctagaaatcc--tgcatccaccactgcatattgacaatttagtcattgtctctatcaacatttttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211350822|gb|FL045986.1|FL045986
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCSTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACSGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|20811268|gb|BQ295746.1|BQ295746
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|40336436|gb|CK370506.1|CK370506
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211353220|gb|FL045989.1|FL045989
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATTGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211350823|gb|FL045987.1|FL045987
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|211078934|gb|FL257757.1|FL257757
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG
EST: gi|67033789|gb|CO462538.1|CO462538
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAG                         CCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGANGATGGTGCCG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaac ... cttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
                                tattaac  putative branch site (score: 1)
                                           tactttt  putative PPT
                     ttattttgctttatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG