Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G095252_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G095252_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-gtacagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG
  || |  |  |  || || |      ||  |||  ||||          |  ||||||||    |  ||     || |  ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
gttagatcttgttcactaacagaaaatcatatgt-tcaca--------tgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG

upper sequence: GRMZM2G095252_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT1G55490.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
gtacagttattc--taccaaaaatctcacacgtgtaccac---agttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG
|||     |     || || || || |||   | || | |   | |||| | ||      ||||     ||     |||   ||   ||||| ||||| ||||||||| | || |  |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||
gtaataacaacagataacataattcccacttttttatctctagatttcaagtcagatgcttgaagag-atgtctctattcattgg--cagGTGCTTTCCAACGATAACGTGAAATTCGGTTACAATGCTGCAACCGGCAAGTACGAGGATTTGATGGCTGCAGGAATCATCGATCCAACAAAG

upper sequence: GRMZM2G095252_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv09s0002g03930.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
---------------------------------------------------gtacagttattctac-----caaaaatctcac-acgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatt---tgctgcacc-agGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG
                                                   || | || | | ||      ||   || ||   | ||  |  |  ||| ||  ||||   ||| |||||  ||  |  ||   | ||  | | ||||  | || |  || ||    || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || 
gtgtgccgtcagtttagattacattgtttacagaagttaaaaactcattatgtgctgtcagtttatggttacatttatttcctgaagttaaaaattgtttatc-catgagcctggatctttagctgatgttatattctttatctagGTGTTGTCCAGTGACAATCCAAAATATGGTTACAATGCTGCAACTGGAAAATACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATAATTGATCCCACGAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932965|gb|CF037777.1|CF037777
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|33092673|gb|CF052667.1|CF052667
EST:     AATTGATTGCTNNNNNNNNCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32934171|gb|CF038983.1|CF038983
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTACCGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211520114|gb|FL350150.1|FL350150
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32931699|gb|CF036511.1|CF036511
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|161580518|gb|EY956298.1|EY956298
EST:     CGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: CGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32931097|gb|CF035909.1|CF035909
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32836365|gb|CD976043.1|CD976043
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32838764|gb|CD978445.1|CD978445
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32930569|gb|CF035381.1|CF035381
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|33097092|gb|CF057052.1|CF057052
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG
                                     aaacattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCTACTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT