Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggtgtatcctaactcctaagcttactaatgctgtggacaggaatagagatttactttttagaagaatctgctaatgaacaaatataatggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAGTATTTGCCACACAGTGATTTGCATGTTAGCAACTCCTTTGAAGGACTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094444_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094444_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g11510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-----ttggtgtatcctaactcctaagcttactaatgctgtggacaggaatagagatttactttttagaagaatctgctaatgaaca-aatataatggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAGTATTTGCCACACAGTGATTTGCATGTTAGCAACTCCTTTGAAGGACTTG
         ||||   ||     |||| || || | ||||  ||||| || ||||  || |||||||      | |  | |||| ||  || |  ||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||| |  |||||||||||| | ||| ||||||||| ||||| |||||| ||||| ||| 
atctacgcatgtaatgtacactttaagattcctta-gctgcagacagtaagagag--ttcctttttatcc---ttttttgatgagcatgatcttttgcattttcagGTCACTTTCTATGAGGCAATGAAAGAACTGACTGAGTATGGGAAGAGGAAGTATTTGCCAGAGAGTAATTTGCATGCTAGCAGCTCCTTCGAAGGGCTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24961534|gb|CA483545.1|CA483545
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|76293128|gb|DV032696.1|DV032696
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|31355816|gb|CD440173.1|CD440173
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|71328897|gb|DR801131.1|DR801131
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|76288142|gb|DV027710.1|DV027710
EST:     AGAGATGTCCCTTTTGCTGGTTTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: AGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|71328899|gb|DR801132.1|DR801132
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAA-GATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|33094892|gb|CF054886.1|CF054886
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|24773109|gb|CA408363.1|CA408363
EST:     ACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCGCTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|91049487|gb|EB159905.1|EB159905
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTA
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTA
EST: gi|94472734|gb|EB701692.1|EB701692
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|60356268|gb|DN223241.1|DN223241
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|91055834|gb|EB166252.1|EB166252
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAA
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAA
EST: gi|74244669|gb|DT652583.1|DT652583
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|60394099|gb|DN226969.1|DN226969
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|213191961|gb|FM189272.1|FM189272
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTANNNAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|76288143|gb|DV027711.1|DV027711
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGA
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGA
EST: gi|149089237|gb|EE178440.2|EE178440
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|78117346|gb|DV535733.1|DV535733
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|24934873|gb|CA453091.1|CA453091
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
EST: gi|24774093|gb|CA409347.1|CA409347
EST:     ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG                         GTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG
genomic: ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATGgtaagttaat ... ggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagagatttactttttagaagaatctgctaatgaacaaatataatggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAGTATTTGCCACACAGTGATTTGCATGTTAGCAACTCCTTTGAAGGACTTG
                         tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                               ttttcc  putative PPT
                            taatgaacaaatataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggtgtatcctaactcctaagcttactaatgctgtggacaggaatagagatttactttttagaagaatctgctaatgaacaaatataatggttttccagGTCACTTTCTATGAAGCAATGAAAAAGATGTCTGAGTATGGGAAAACAAAGTATTTGCCACACAGTGATTTGCATGTTAGCAACTCCTTTGAAGGACTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG