1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gttcaaccatgtcttgtgtactattgcatcccatgttgagcttttgacaaaatgataattttcatactgctaacacagaatcttagtttctgcctaccttatgcattatttagtgagatggcctctcttttgtttcttcctttttttgacaagTACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGAAAGAAGGCAGAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G087749_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTTGAACACTTTGGAAGTATTCAGGCCTTCAAACTCAAGTATCAACAG TACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGAEST: gi|31350102|gb|CD434459.1|CD434459
genomic: TCTTTGAACACTTTGGAAGTATTCAGGCCTTCAAACTCAAGTATCAACAGgttcaaccat ... ttttgacaagTACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGA
EST: TCTTTGAACACTTTGGAAGTATTCAGGCCTTCAAACTCAAGTATCAACAG TACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGA
genomic: TCTTTGAACACTTTGGAAGTATTCAGGCCTTCAAACTCAAGTATCAACAGgttcaaccat ... ttttgacaagTACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGA
ttatgcattatttagtgagatggcctctcttttgtttcttcctttttttgacaagTACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGAAAGAAGGCAGAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCA
tggcctctcttttgtt CT-rich tract
attatttagt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcaaccatgtcttgtgtactattgcatcccatgttgagcttttgacaaaatgataattttcatactgctaacacagaatcttagtttctgcctaccttatgcattatttagtgagatggcctctcttttgtttcttcctttttttgacaagTACCTGGAGAGCGCTGAACCAAGGTTGAATGCTAGTGTGCCTGACATGAGAAAGAAGGCAGAACAAAGAGGTCTTGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA