Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagaaaaattgtgctgatcatgtagattctaatttgtttttgaaaaaaaaaactcttgtagtttattactcaatcttactatgttatctaaaatgtacagGGTGCTCAGCCTTGCACGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAATTGCATGCAAATATGATCACCCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086994_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086994_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g15460.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
aagaaaaattgtgc-tgatcatgtagattctaatttg--tttttgaaaaaaaaaactcttgtagtttattactcaatcttactatgttatctaaaatgtacagGGTGCTCAGCCTTGCACGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAATTGCATGCAAATATGATCACCCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
       ||||  | |   | | |   ||    ||||  |||||| | | ||||       | |||| || || || ||   | |||||||| || | | ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| | |
-ttggtgattgcacatagacctatgtttttgtctttgcttttttgtagagaaaatgctccttggtttcttgct-aagctgcttgtgttatctcaact-tgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAGTATGATCACCCAATGGGCACGCTTGGCTACAGTCCGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71431264|gb|DR812314.1|DR812314
EST:     CTTCTAAGTCCAATTACATGTTCAGTCATCTCTGCCTTCCGCTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGCACGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTTCTAAGTCCAATTACATGTTCAGTCATCTCTGCCTTCCGCTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtacagGGTGCTCAGCCTTGCACGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaaactcttgtagtttattactcaatcttactatgttatctaaaatgtacagGGTGCTCAGCCTTGCACGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAATTGCATGCAAATATGATCACCCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
                                        atctaaa  putative branch site (score: 3)
                                  tatgttatctaaaat  TA-rich tract