Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcgaaatgtaaatcactttgatcatgcagtgaaatgatattgtagtgacaagaactattcacacaacaaaataactctgcttactgccatttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G084881_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G084881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g39380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
---------------------------------------------------------------------------agcgaaatgtaaatcactt-tgatcatgcagtgaaatgatattgtagtgacaagaactattcacacaacaaaataactctgcttactgccatttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA
                                                                            ||  | |   | | || |    | |||  |||||| ||  || |||||  ||      |    |    ||  | ||  ||   | |  |  ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||
gtaagtgtcaccactcatattttcgctaaccactgttcaactacctactacgcatcagatgaaaagaatcagttttgccca-tacgattgacatgcagttatgatgtgaaacgaacttatagtggaaactttcgtgatgatgggaatctgacattgtaaaatatc--ttcttgtagTGCCTCGTCTCTTCACTGCTGATATCGCGGCTTTCTATGAGAGTTACTACACTAACAAAGGAGTTAAGATCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGA

upper sequence: GRMZM2G084881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT3G52880.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
agcgaaatgtaaatcactttgatcatgcagtgaaatgatattgtagtgacaagaactattcacacaacaaaataactctgcttactgccatttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA
               |  ||||  | | |      || ||||   || | |      |||   |||   ||  ||  |    |  ||       | | ||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || |||||| | || || ||  | ||   ||| ||   
-------------gtaagttgacta-gtatccttttgctattcatgtaatatatgacattgttacacgtaatgaaaacaaaatgttg-------acgcagTGCCTAGGCTTTTCACCGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGACTTACTATACAAACAAGGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTGGCATCTGGGTTCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32837679|gb|CD977357.1|CD977357
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|213174582|gb|FM195806.1|FM195806
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|67015015|gb|CO443764.1|CO443764
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|18963310|gb|BM660362.1|BM660362
EST:     GAAGATCAATGGCTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|87153386|gb|DY398175.1|DY398175
EST:     GAAGATCAATGGCTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32938597|gb|CF043416.1|CF043416
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|74236615|gb|DT644529.1|DT644529
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32933738|gb|CF038550.1|CF038550
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|60672306|gb|DN475070.1|DN475070
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32857765|gb|CD997446.1|CD997446
EST:     ATGACTTTGATGTCACTATGGGGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: ATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|33103313|gb|CF063273.1|CF063273
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCCTTCTA-GAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32837255|gb|CD976933.1|CD976933
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32828473|gb|CD968151.1|CD968151
EST:     GA-GATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACT-TG
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTAT-
EST: gi|32828494|gb|CD968172.1|CD968172
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32848333|gb|CD988014.1|CD988014
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|18648970|gb|BM497789.1|BM497789
EST:     GTTTCCTGAACCTTGG-GCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32850352|gb|CD990033.1|CD990033
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|33101258|gb|CF061218.1|CF061218
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|60350416|gb|DN217389.1|DN217389
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|33102352|gb|CF062312.1|CF062312
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|211263515|gb|FL023464.1|FL023464
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|50335367|gb|CO530493.1|CO530493
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGGGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32847380|gb|CD987061.1|CD987061
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32829258|gb|CD968936.1|CD968936
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32829160|gb|CD968838.1|CD968838
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|4321049|gb|AI467712.1|AI467712
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAAGCTTACTATN
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTAT-
EST: gi|32940843|gb|CF045662.1|CF045662
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32838469|gb|CD978147.1|CD978147
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGC
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGC
EST: gi|211263516|gb|FL023465.1|FL023465
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32829042|gb|CD968720.1|CD968720
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGGCTT-CTATGAGGCTTACTAT
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTG-CTTTCTATGAGGCTTACTAT
EST: gi|4314900|gb|AI444697.2|AI444697
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAG-CTTAC-ATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32830136|gb|CD969814.1|CD969814
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32828804|gb|CD968482.1|CD968482
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|67015610|gb|CO444359.1|CO444359
EST:     TGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: TGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32828858|gb|CD968536.1|CD968536
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32850735|gb|CD990416.1|CD990416
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|33101866|gb|CF061826.1|CF061826
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|14204226|gb|BG837903.1|BG837903
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAMCCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|67018255|gb|CO447004.1|CO447004
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32846066|gb|CD985747.1|CD985747
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
EST: gi|32830261|gb|CD969939.1|CD969939
EST:     GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCA                         TGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA
genomic: GAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 361

GCAGTGGTTGTTGGAGGAGGTTATATCGGCCTCGAACTGAGTGCAGCCCTGAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 964

GCAGTGGTTGTTGGAGGAGGTTATATCGGCCTCGAACTGAGTGCAGCCCTGAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 557

GCAGTGGTTGTTGGAGGAGGTTATATCGGCCTCGAACTGAGTGCAGCCCTGAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1411

GCAGTGGTTGTTGGAGGAGGTTATATCGGCCTCGAACTGAGTGCAGCCCTGAAGATCAATGACTTTGATGTCACTATGGTGTTTCCTGAACCTTGGTGCAgtaagtgtca ... tttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgacaagaactattcacacaacaaaataactctgcttactgccatttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA
                                 tgcttac  putative branch site (score: 1411)
                                          ccatttc  putative PPT
                    aacaaaataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agcgaaatgtaaatcactttgatcatgcagtgaaatgatattgtagtgacaagaactattcacacaacaaaataactctgcttactgccatttcatgtagTGCCTCGCCTCTTCACTGCCGATATTGCTGCTTTCTATGAGGCTTACTATACTAACAAAGGTGTAAAGATCTTGAAGGGCACGCTAGCTGTTGGTTTTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - tgaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgcca