Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttatctcccaattcaagcttgctgcagcctctggtgtcgattcctgcatattttgcagcactgtgatgtaactaactgataagctttaaatccttctgacctgatgcagGTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G080375_T06
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116813643|gb|EC856113.1|EC856113
EST:     AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGCG                         GTTTTATCGCGATGTACGCAACTCTAGCTAGCCGTGATGTG
genomic: AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGTGgtatgtttat ... cctgatgcagGTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG
EST: gi|33099629|gb|CF059589.1|CF059589
EST:     AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGCG                         GTTTTATCGCGATGTAC
genomic: AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGTGgtatgtttat ... cctgatgcagGTTTTATCGCGATGTAC
EST: gi|211450005|gb|FL281917.1|FL281917
EST:     AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGCG                         GTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG
genomic: AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGTGgtatgtttat ... cctgatgcagGTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG
EST: gi|211450006|gb|FL281918.1|FL281918
EST:     AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGCG                         GTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG
genomic: AAGTGCGGAGAACGGCATCGGTGTCGTGAAGCTTATGGGCCGCAACAGTGgtatgtttat ... cctgatgcagGTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcagcactgtgatgtaactaactgataagctttaaatccttctgacctgatgcagGTTTTATCGCGATGTACGCGACTCTAGCTAGCCGTGATGTG
                              tttaaat  TA-rich tract