Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttgcaaatgcaatgtgccttttgcacccatcaagcagcatcaatgccatgctatgaacattttattatccagtgcttgattcctatctgtttaatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTACACTCTCTCGCCAACGGTCCTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G079256_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G079256_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g10600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
----------------gttagttgcaaatgcaatgtgccttttgcacccatcaagcagcatcaatgcca--tgctatgaacattttattatccagtgcttgattcctatctgt-ttaatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTACACTCTCTCGCCAACGGTCCTGAG
                 ||  |||| |    | |  |   |    ||   | || ||  |  | | | |  |  || || | |   |   ||||   |  |   |  |||||| || || |  |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||||
gtaagctgcagtatgccttttttgccatattacttggaaatagatacttgtgaaccatgaggattactaatttgtacgatcctcccaagttccaacccaaggc-ctaatctgtctttatttcatagGAAGTTGCTGAAACTGTGAAGAATGACTTTGGTACCATTGACATCCTCGTACACTCTCTTGCAAATGGTCCTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60345537|gb|DN212510.1|DN212510
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|31356068|gb|CD440425.1|CD440425
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|32907240|gb|CF012053.1|CF012053
EST:     GTTAAAGCACACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAA                         GAAGTTGTTGAGA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGA
EST: gi|78076466|gb|DV504900.1|DV504900
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCTTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|32908286|gb|CF013099.1|CF013099
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGA
EST: gi|67011703|gb|CO440452.1|CO440452
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|87156317|gb|DY401106.1|DY401106
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|32911684|gb|CF016496.1|CF016496
EST:     GCTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGNAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         C
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtag-
EST: gi|32911684|gb|CF016496.1|CF016496
EST:     GCTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGNAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         C
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtag-
EST: gi|71332949|gb|DR803501.1|DR803501
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|211314447|gb|FL116841.1|FL116841
EST:     AAAGCAAACNAAAAGAAATGCTGGGAGCTTCAAACTGGACCTGGTTAAAG                         GAAGTTGTTGA
genomic: AAAGCAAAC-AAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGAC-TG-TTAA-Ggttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGA
EST: gi|22819573|gb|BU499663.1|BU499663
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT
EST: gi|211312415|gb|FL116823.1|FL116823
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgctatgaacattttattatccagtgcttgattcctatctgtttaatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTACACTCTCTCGCCAACGGTCCTGAG
                                         gtttaat  putative branch site (score: 4)
     atgaacattttattat  TA-rich tract