1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaaacacatggttgtagttactgctgtcgtttgaaaggatttcaattagtttcattcatacagttacagtagcaagtgccctggttatgcaattttagttgtcagtgaaatatctgtttctgaaagcacttgccattcctttttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGGGATGGAGCCACCAACAAATCCGCTAGAGAGGAGAGTGAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G075485_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAG GTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGEST: gi|71443603|gb|DR824653.1|DR824653
genomic: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAGgtaaacacat ... ttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAG
EST: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAG GTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGEST: gi|91870824|gb|EB401103.1|EB401103
genomic: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAGgtaaacacat ... ttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAG
EST: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAG GTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGEST: gi|32909541|gb|CF014353.1|CF014353
genomic: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAGgtaaacacat ... ttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAG
EST: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGATGAGGCGATTGGTGAAG GTGAGCTGAAGTEST: gi|71443604|gb|DR824654.1|DR824654
genomic: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAGgtaaacacat ... ttaatatcagGTGAGCTGAAGT
EST: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAG GTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGEST: gi|60341956|gb|DN208929.1|DN208929
genomic: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAGgtaaacacat ... ttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAG
EST: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAG GTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAG
genomic: GCTTGATTCTCACCGCTTCAAGGATATAATTGACGAGGCGATTGGTGAAGgtaaacacat ... ttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAG
gttgtcagtgaaatatctgtttctgaaagcacttgccattcctttttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGGGATGGAGCCACCAACAAATCCGCTAGAGAGGAGAGTGAA
ttttaat putative branch site (score: 3)
cttgccattccttttt CT-rich tract
attcctttttaatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaacacatggttgtagttactgctgtcgtttgaaaggatttcaattagtttcattcatacagttacagtagcaagtgccctggttatgcaattttagttgtcagtgaaatatctgtttctgaaagcacttgccattcctttttaatatcagGTGAGCTGAAGTCAACTAAGGTGTATGAGAAATGGGCTAAAAAGATCTCAGGGATGGAGCCACCAACAAATCCGCTAGAGAGGAGAGTGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA